学习小组Day6笔记--紧到长不帅

今天学习第六天，今天的内容是R语言中的tidyr包

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• 首先是安装tidyr包：install.packages("tidyr"),加载tidyr包。：library(tidyr)
• 新建一个试验数据框：a<-data.frame(GeneId = rep("gene5",times=3),SampleName =paste("Sample",1:3,sep=""),Expression=c(14,19,18)) image.png

其中涉及到1、rep的使用，重复，括号中填要重复的字符和重复次数。2、paste的使用，连接两个字符串，括号要填两个代连接字符并指定分隔符（sep），没有分隔符就填sep=“”。

• 认识Tidy Data

这是一种组织表格数据的方式，提供了一种能够跨包使用的“统一”的数据格式。
什么叫“统一”？:“统一”的概念：每个变量（variable）占一列，每个情况（case，姑且这么翻译）和观测值（observation）占一行。

image.png

• 使用tidyr包中的函数实现上述数据框的变形,新建试验数据：a <- data.frame(country=c("A","B","C"),"1999"=paste(c(0.7,37,212),"K"),"2000"=paste(c(2,80,213),"K"))

1. Reshape Data

   • gather、spread函数：

     
     image.png

     • 上述操作代码：gather(a,X1999,X2000,key = "year",value = "cases")#gather括号里的分别是：数据框名，需合并的列名（两个），合并后的key列名，value列名。其中，需合并的列名也可以列在最后(其实个顺序才是默认的)，key=和value=也可以省略（我爱偷懒），如果按照上面小抄的命令括号里那个顺序，省略了就会报错。gather(a,"year","cases",X1999,X2000) #推荐的偷懒做法

2. Handle Missing Values处理缺失值

   • 删除缺失值整行：

     
     image.png

   • 同一列的空值填上同一个数（自定义填充）

     
     image.png

3. Expand Tables

   • complete函数（把空值的位置补全），代码：complete(d, nesting(x1), fill = list(x2=5))#nesting指数据完整的列（可以包括很多列）
     -expand函数，代码：expand(pin2,GeneId,SampleName,Expression)#pin2指数据集，后面三个指列名
     最后上幕布
     image.png