Maker2安装2022-03-22

陈连福老师的安装流程
MAKER in Yandell Lab
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必须安装

conda install Perl
conda install -c bioconda perl-bioperl
conda install -c bioconda blast
conda install -c bioconda repeatmasker
conda install -c bioconda exonerate

安装perl模块以及并行运算

cpan -i BioPerl Bit::Vector DBD::SQLite DBI Error Error::Simple File::NFSLock File::Which forks forks::shared Inline Inline::C IO::All IO::Prompt PerlIO::gzip Perl::Unsafe::Signals Proc::ProcessTable Proc::Signal threads URI::Escape

conda install -c bccp mpich2

可以运行perl Build.PL查看缺失的依赖，额这个有张补来补去的感觉，一会缺这个一会缺那个，而且perl中的包安装起来各种错误。。。
最后发现好像是因为我在conda创建的环境里面使用perl的cpan不行，那就只能使用conda安装perl的包

PERL Dependencies:      MISSING
                  !  forks::shared
                  !  forks
                  !  Bit::Vector
                  !  Want
                  !  Inline::C
                  !  Perl::Unsafe::Signals
                  !  Bio::Root::Version
                  !  IO::All

External Programs:      VERIFIED
External C Libraries:   VERIFIED
MPI SUPPORT:            ENABLED
MWAS Web Interface:     DISABLED
MAKER PACKAGE:          MISSING PREREQUISITES

conda库里能搜到的可以直接用conda安装还是覆盖挺全的

conda install -c bioconda perl-forks
conda install -c bioconda perl-bit-vector