gstacks -I aligned/ -M ../../00.extracted/pop_newall1.txt -t 32 -O gstacks_out/
./stacks-2.68/populations -P gstacks_out/ -M popmap_all_sites.txt -O site4/ -r 0.8 -p 3 --min-maf 0.05 --hwe --fstats --write-single-snp --vcf --structure --genepop --phylip --plink --treemix -t 32
populations -P ./aligned/ -M ../../00.extracted/pop_newallnoxuting.txt -r 0.8 -p 3 --min-maf 0.05 --write-single-snp --vcf
生成的vcf文件使用https://github.com/BGI-shenzhen/VCF2Dis
VCF2Dis -InPut in.vcf.gz -OutPut p_dis.mat
拿到 raw vcf 文件
快速注释已经得到的vcf文件 所需文件 ref.fa gff3文件或者gtf vcf文件 简单流程 1.建立一文件...
排序 从vcf文件排序开始，可以使用picard，也可以使用vcftools 的vcf-sort vcf转换为pe...
1.vcftools或plink进行文件格式转换 vcftools --vcf myfile.vcf --plin...
1.vcftools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具。 2.输入参数 –vcf 支持...
对VCF文件中GT类型的记录：
根据id提取vcf（提取重测序数据不会有日志等啰嗦行） 根据染色体提取vcf 根据位置提取vcf（pos文件含染色...
vcftools是用来处理vcf和bcf文件的工具集，功能涵盖了过滤，数据格式转换，一些指标的统计计算，vcf文件...
变异注释发生在变异提取之后，获取VCF（Variant Call Format,VCF)文件后，目前从下机数据比较...
跑完全基因组前面的pipline，拿到了vcf文件根据指示把vcf转化为maf，进一步画图统计，使用vcf2maf...
本文标题：2025-05-27 vcf文件建树
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/cdohwjtx.html
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