1.1 pwd

显示当前路径

1.2 cd

改变当前所在目录
cd / cd ~ 表示进入家目录

1.3 ls

查看目录内容。
ls -alh / ls -lh显示目录下文件的详细信息，如文件大小

1.4 cat

可用来合并文件，也可用来在屏幕上显示整个文件的内容。

1.5 touch

用于创建新文件 touch newfile

1.6 cp

用于拷贝文件或文件夹

1.7 mv

用来移动文件或者重命名文件

1.8 rm

rm / rm -r 用于删除文件或文件夹
rm -rf 用于强制删除文件夹

1.9 free

查看内存空间

2.0 df -h

查看磁盘空间

2.1 chmod

用于改变指定文件的权限命令。

2.2 more | less

用分页的形式显示指定文件的内容
less比 more 更好的是，less可以往前翻页

2.3 head

用于显示文件的前n行内容

2.4 tail

用于显示文件的后n行内容

2.5 find

用于查找指定的文件

2.6 tar

用于多个文件或目录进行打包，但不压缩; 也用于解包
-c 创建新文档
-x 解包
-v 显示正在处理的文件名
-f 取代默认的文件名

2.7 gzip

用于文件进行压缩和解压缩命令，文件扩展名为.gz结尾

2.8 gunzip

用于对gzip压缩文档进行解压缩

2.9 zip/unzip

压缩解压缩.zip文件

小结:
打包、压缩、解压命令：
打包： tar -cvf xxx.tar *
压缩： gzip xxx.tar
打包： gzip -d xxx.tar.gz
压缩： tar -xvf xxx.tar
打包并压缩：tar -zcvf xxx.tar.gz *
解压：tar -zxvf xxx.tar.gz
打包并压缩：tar -jcvf xxx.tar.bz2 *
解压：tar -jxvf xxx.tar.bz2

3.0 sudo

以系统管理员的身份执行命令

3.1 ln

ln -s: 软链接：也称为符号连接，即为文件或目录创建一个快捷方式。
ln 硬链接

3.2 man

显示命令的帮助文件

3.3 kill -9

杀死一些特定的进程

3.4 clear

清屏

3.5 wc: 计数

-l: 行数
-w: 字数
-c: 字符数

3.6 ps

显示所有进程

3.7 jobs

显示后台或挂起的进程

3.8 top

显示当前正在运行的命令

3.9 sort 排序

-r 逆序
-d 字典顺序

4.0 alias

对命令重命名, 可在.bashrc中设置

4.1 date

显示日期的指令

4.2 cal

显示日历的指令

4.3 bc

简单好用的计算器

• 加法

• 减法

• 乘法

• / 除法

• % 求余

• ^ 求幂次方

4.4 basename / dirname

取得路径的文件名与目录名

4.5 nl

显示行号： 如 cat filename |nl 会将filename的行号显示出来。

4.6 tac： 是cat倒着写

从文件最后一行开始显示

4.7 which

which command 显示命令所在位置

4.8 ifconfig：查看ip地址

windows中使用ipconfig

4.9 ping：

ping ip地址： 测试网络连接是否正常

5.0 who:

查看当前登录的用户信息 (whoami: 查看当前用户名)
who -u:
who -q:

5.1 对文本处理命令的详细介绍

cut
将一段信息的某一段切出来，处理的信息是以行为单位。
cut -f 1,3,5 filename 获取文本的第一、三、五列
cut -f 1-5 filename 获取文本的第一至五列

grep 文本搜索查找与匹配
无参数选项： 直接加查找内容: grep "查找内容" filename
grep '查找内容' filename --color=always：表示突出显示查找内容
参数选项：
grep -i pattern files ：不区分大小写地搜索。默认情况区分大小写，
grep -l pattern files ：只列出匹配的文件名，
grep -L pattern files ：列出不匹配的文件名，
grep -w pattern files ：只匹配整个单词，而不是字符串的一部分(如匹配’magic’，而不是’magical’)，
grep -C number pattern files ：匹配的上下文分别显示[number]行，
grep pattern1 | pattern2 files ：显示匹配 pattern1 或 pattern2 的行，
grep pattern1 files | grep pattern2 ：显示既匹配 pattern1 又匹配 pattern2 的行。
grep -n pattern files 即可显示行号信息
grep -c pattern files 即可查找总行数，即某一匹配内容出现的个数
grep -v pattern files 查找不包含匹配项的行
grep -o pattern files 只返回匹配到的内容
如： cat filename | grep -v "不匹配内容' | cut -f 2,5,9 | wc -l
如果想查找一个以AT5G254开头以1结尾的基因，要用到强大的正则表达式。grep 'AT5G254.*5$' TAIR10_GFF3_genes.gff
可以通过管道符号或者多个参数实现多重目的。

uniq : 去重
先排序后去重
uniq -c : 重复数
cat filename | cut -f 2 | sort | uniq | nl

awk: 强大的文本操作工具
awk擅长处理表格形式的数据。它逐行从文本中读取数据，将整行数据定义为$0, 然后根据指定的分隔符，将各列数据分别定义$1,$2,$3
首先，awk实现cat,cut这些命令：
cat
$ awk '{print $0}' SGD_features.tab | head -2
cut

$ awk '{print $1,$4,$5}' TAIR10_GFF3_genes.gff | head -2
awk除了能输出指定列，还能重排，甚至换一种分隔符，比cut更加强大
$ awk '{print $4","$5","$1}' TAIR10_GFF3_genes.gff | head -1

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awk还支持

• 算术运算(+,-,*,/,%,)
• 逻辑运算(==,!=,<,>,>=,<=),
• 或与非(&&,||,!),
• 还可以进行模式匹配(ab,a!b)。

eg. 找到长度大于10kb且在1号染色体的注释内容
awk '$5 - $4 > 10000 && $1 ~ /Chr1/' TAIR10_GFF3_genes.gff | head -5

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awk还有两个特殊模式BEGIN,END，意思是在操作开始或/和结束后才执行的操作。

详细的解释和使用可以到http://www.jianshu.com/p/8c6a0d0d4f0d以及 http://www.jianshu.com/p/9b0f2a3584e3上查询和学习。

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sed: 流处理工具
文本替换:
sed 's/pattern/replacement/' file
显示特定行:
sed -n 'n1,n2p' file.txt (-n 只输出编辑部分; p 打印; n1,n2 从以n1到n2)
-i会修改源文件,但是可以同时使用bak备份
$sed -ibak 's/Ian/IAN/' source.txt
行后增加内容：
sed '[address] a the-line-to-append' infile( [address]指位置；a: 代表append缩写；the-line-to-append：指插入或增加的内容)
行前增加内容：
sed '[address] i the-line-to-insert' input-file
sed '2 i 108,Donald Stufft, Nebula' source.txt
修改行语法：
sed '[address] c the-line-to-insert' input-file
sed '/Paul/ c 108,Donald Stufft, Nebula' source.txt

该网站http://dongweiming.github.io/sed_and_awk详细介绍了sed的其他一些用法。

补充一下：split和join的用法：
split: 用于文件拆分
-<行数> : 指定每多少行切成一个小文件
split -2 README #将README文件每2行分割成一个文件
-b 字节数： 按照字节数切分
split -b 200 infile

join: 将两个文件中，指定栏位内容相同的行连接起来。
join file1 file2

详细讲解可查询http://www.runoob.com/linux/linux-command-manual.html网站。