前196年（高祖十一年），陈豨反叛，刘邦亲自统率军队，到达邯郸。
战事还没有结束，淮阴侯韩信在关中谋反，吕后采用萧何的计策，杀了淮阴侯，此事记载在《淮阴侯列传》中。
刘邦听说淮阴侯已经被杀的消息后，就派遣使者拜丞相萧何为相国，加封食邑五千户，命令安排五百名士兵由一名都尉率领充任相国的卫队。
当时许多人都向萧何道贺，只有召平表示哀吊。
召平这个人本是秦朝的东陵侯。秦朝灭亡后，成了平民百姓，生活贫苦，在长安城东种瓜。
他种的瓜味道好，人们俗称为“东陵瓜”，就是取名于召平从前的封号。
召平对萧何说：“您的祸患从此开始了。皇上在外作战风餐露宿，而您留守京城，并不需要冒着矢石去冲锋陷阵，但皇上却要给您加封食邑、设置卫队，这是因为淮阴侯刚刚在关中谋反，皇上对您也起了疑心。”
“设置卫队来保护您，这不是宠信您的表示。希望您辞让封赏不予接受，再把自己的全部家财私产拿出来赞助军需，这样皇上心里就会高兴了。”
萧何听从了召平的计策，马上辞让封赏，并捐出自己的家产来做军饷，刘邦知道后果然大为高兴。
前195年（高祖十二年）秋天，黥布起兵反叛，刘邦亲自统率军队前去讨伐，在军中多次派遣使者来问相国在做些什么。
萧何因为皇上在军中，就努力安抚勉励百姓，把所有的东西都送去供应军需，就像平定陈豨叛乱时一样。
有个说客对萧何说：“您要不了多久就会遭受灭族的惨祸了。您位为相国，功居第一，难道还可以再增加吗？而您从刚进关中的时候起，就深得民心，到现在已有十多年了，百姓们都亲附您，您总是勤勉办事，得到百姓的欢心。”
“皇上之所以屡次派人来问您的情况，是怕您利用自己的威望动摇关中。如今您何不多买些田地，并低价赊购、借贷来玷污自己，（如果这样做的话，）皇上对您就放心了。”
于是萧何听从了他的计策，刘邦一看萧何也开始享受，购买田产，鱼肉百姓，很是高兴。
刘邦平定了黥布的叛乱，撤军返回长安。
百姓们拦路上书告状，控告萧何用低价强行购买民间的土地房屋，价值数千万之多。
刘邦回到宫中，相国萧何前来拜见。
刘邦笑着说：“当相国的竟然侵夺民众的财产，为自己谋利！”
把百姓们的控告信全部交给萧何，说道：“你自己去向民众谢罪吧！”
萧何乘机为百姓们请求说：“长安一带地方狭窄，而上林苑中空地很多，白白地抛荒，希望下令让民众进去耕种，（收成后粮食归耕者所有，）禾秸则不许收走，留下来作苑中禽兽的食料。”
刘邦大发雷霆，说：“相国你大收商人的财物，却来讨取我的上林苑！”
于是就下令把萧何交给廷尉拘禁起来，还给他上了刑具。
过了几天，一个姓王的卫尉侍从刘邦，上前问道：“相国犯了什么大罪，陛下怎么突然把他关起来了？”
刘邦说：“我听说李斯担任秦始皇的宰相，办了好事都归功于主上，有了错误则自己承担。现在相国大量接受那些下贱的商人们的金钱，却来为百姓求取我的苑林，想以此来讨好百姓，所以我要把他关起来治罪。”
王卫尉说：“要说在自己的职责范围之内，如果有对民众有利的事就为他们向陛下请求，这真是宰相应做的事，陛下怎么竟然怀疑相国接受了商人的贿赂呢？”
“况且当初陛下与楚军相持不下，有几年之久，陈豨、黥布反叛时，陛下亲自率军外出平叛，在那个时候，相国留守关中，（如存异心，）只要稍有举动，函谷关以西的地方就不属陛下所有了。”
“相国不在那时为自己谋利，现在难道会贪求商人的金钱吗？再说秦皇是因为不知道自己的过错而失去了天下，李斯为主上分担过错的做法，又有什么值得效法的呢？陛下怎么能用这种浅陋的眼光来怀疑宰相。”
刘邦听了，心中很不愉快，但也知道是错怪了萧何了。
当天，派遣使者手持符节赦萧何出狱。
萧何已经年老，平日一向谦恭谨慎，进宫拜见刘邦时，光着脚步行表示谢罪。
刘邦说：“相国请别这样！相国为百姓请求上林苑中的空地，我不允许，不过是我成了桀、纣那样的昏暴君主，而相国却是贤明的宰相。我故意把相国关起来，是想让百姓们都知道我的过错。”
曹参和萧何为什么互生间隙？还是刘邦的套路深啊萧何向来与曹参不和，到萧何病重时，孝惠帝亲自去探望相国的病情，顺便问他：“您百岁之后，谁可以继代您的职位？”
萧何回答说：“了解臣下的莫过于君主。”
孝惠帝接着问：“曹参这个人怎么样？”
萧何叩头说：“皇上您找到合适的人了！我死而无憾了！”
萧何购置土地房屋一定选择贫穷僻远的地方，营造宅第也从来不修建围墙。
他说道：“后代子孙如果贤德，可以从中学我的俭朴；如果不贤无能，（这种房屋）也不会被有势力的人家所侵夺。”
前193年（孝惠帝二年），相国萧何去世，谥为文终侯。
太史公评价说：萧相国在秦朝的时候是一个文牍小吏，平平庸庸，无所作为，没有什么突出的表现。
等到大汉兴起，他（追随高祖，）依靠日月余光的照耀，（才名显天下。）
萧何谨慎地守护关中这一根本重地，利用民众痛恨秦朝严刑苛法，顺应时代的潮流，与百姓们一起更新政治。
淮阴侯韩信及黥布等人都被诛杀，而萧何的功勋光辉灿烂。
他位居群臣之首，声名流传后世，可以同周朝的闳夭、散宜生等争光比美了。
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