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perl 如何写参数(这个还没做啊)

perl 如何写参数(这个还没做啊)

作者: 我想养只猫zhl | 来源:发表于2020-04-15 15:53 被阅读0次

这个脚本有三个条件,如何根据参数选择条件

#!/usr/bin/perl

use strict; use warnings;

use FileHandle;

my($file1, $file2, $file3, $length_standard, $file4, $file5)=@ARGV;  #assem.fa.fai evm.pep.NR.blast.tab.best.scaf.length  BUSCO/run_BUSCO/full_table_BUSCO.tsv 2000 scaffold scaffold_and_length

my $in1=FileHandle->new("< $file1");

my $in2=FileHandle->new("< $file2");

my $in3=FileHandle->new("< $file3");

my $out1=FileHandle->new("> $file4");

my $out2=FileHandle->new("> $file5");

my(%hash1, %hash2);

while(<$in1>){

chomp;

my @arr1=split("\t", $_);

$hash1{$arr1[0]}=$arr1[1];

if($arr1[1]>$length_standard){

$hash2{$arr1[0]}=$arr1[1];

}

}

while(<$in2>){

chomp;

if($_!~/^#/){

my @arr2=split("\t", $_);

$hash2{$arr2[14]}=$arr2[15];

}

}

while(<$in3>){

chomp;

if($_=~/^EOG/){

my @arr3=split("\t", $_);

if(@arr3>3){

$hash2{$arr3[2]}=$hash1{$arr3[2]};

}

}

}

foreach my $key (keys %hash2){

print $out1 "$key\n";

print $out2 "$key\t$hash2{$key}\n";

}

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