查看某些基因不同组织的表达量变化

1.下载不同组织的数据

image.png

2. 下载这些数据

#BSUB -J blast
#BSUB -n 10
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal

cd /public/home/qtxu/Data/RNA_seq_data/RNA_seq_from_various_tissues

prefetch  SRR3968780  -O raw_data  

prefetch  SRR1618546  -O raw_data

prefetch  SRR1178905  -O raw_data

prefetch  SRR1178906   -O raw_data

prefetch  SRR1618547  -O raw_data

prefetch  SRR1618548   -O raw_data

prefetch  SRR1618549   -O raw_data

3. 把SRA文件重命名为相约组织，然后sra转化为FASTQ，这里以root为例子

#BSUB -J blast
#BSUB -n 10
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal

cd /public/home/qtxu/Data/RNA_seq_data/RNA_seq_from_various_tissues/raw_data/SRR3968780

fastq-dump  Root.sra   --split-3 --gzip -O ./ 

4. map到水稻基因组，采用hisat2进行,同时把sam变成bam文件。：

#BSUB -J leaf
#BSUB -n 10
#BSUB -R span[hosts=1]
#BSUB -o %J.out
#BSUB -e %J.err
#BSUB -q normal

cd /public/home/qtxu/Data/RNA_seq_data/RNA_seq_from_various_tissues/raw_data/SRR3968780

hisat2 -p 8 --dta -x /public/home/qtxu/Data/RNA_seq_data/HAG704_RNA-seq/HISAT/index -1 clean_Root_R1.fq.gz  -2 clean_Root_R2.fq.gz    -S root.sam 
samtools sort -@ 8 -o root.bam  root.sam

5. 计算每个基因在不同组织中TPM值。