此命令的主要作用是把有相互重叠的片段（或gap小于指定长度的片段）融合成一个片段，使得每个片段都最多出现一次，并减少片段的总数量
merge.png
基本语法
bedtools merge [OPTIONS] -i <BED/GFF/VCF/BAM>
# merge要求的输入格式是BED、GFF、VCF和BAM中的一种
options
-s: 只merge在同一条链上的序列，如果不写则默认为否
-d: gap之间的最大距离
-c: 选择对哪些列进行操作
-o: 对由-c选择的列采取什么操作，需一一对应，每个操作对应一列，此操作只对此列起作用，不对其他列起作用
Notes：在进行merge之前一定要用sort对要merge的文件的染色体名称和每行的染色体起始位置进行sort，且在对染色体起始位置进行排序时，一定要指明是以数字的形式进行排序，否则便是以ASCII码值进行排序。sort是必须的，否则报错。
小技巧：如果只想对同一基因在同一染色体上blast出的结果进行merge，则可把染色体编号和blast原基因号结合成一个字段，然后进行merge
merge的本质：merge只会识别第一列（染色体编号）和第二第三列（分别是染色体的起始位置和终止位置（前开后比）），在merge进行的时候是把染色体位置的最小值和最大值分别和其他行的（同组的）染色体位置的最大值和最小值相比，然后根据-d选项进行merge
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