段祺瑞指使安福系阁员提出整顿学风，进行反扑。8日下达命令，要对蔡元培进行追查，甚至扬言要暗杀他。当天，蔡元培发布《不愿再任北京大学校长的宣言》：我绝对不能再做不自由的大学校长。思想自由，是世界大学的通例，德意志帝政时代，是世界著名专制的国家，他的大学何等自由；那美、法等国，更不必说了。北京大学，向来受旧思想的拘束，是很不自由的。我进去了，想稍稍开点风气，请了几个比较的有点新思想的人，提倡点新的学理，发布点新的印刷品，用世界的新思想来比较，用我的理想来批评，还算是半新的。在新的一方面偶有点儿沾沾自喜的，我还觉得好笑，哪知道旧的一方面，看了这点半新的，就算洪水猛兽一样了。又不能用正当的辩论法来辩论，鬼鬼祟祟，想借着强权来干涉。于是，教育部来干涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界有这种不自由的大学么？还要我去充这种大学的校长么？
9日晨5点半，蔡元培悄然离京，出走天津，前往杭州。当日，北大学生议决“停课待罪”，表示坚决挽留蔡校长；北京各大专学校校长全体提出辞职。
14日，徐世昌邀请段祺瑞与全体阁员、两院议长在总统府举行紧急会议，讨论外交与学潮等问题。当天发表命令，挽留蔡元培校长，同时，告诫学生不得纠众滋事，如果不服弹压，即当“查明斥革，依法逮惩”。
19日，北京学联宣布中等以上学校全体罢课，并发出罢课宣言：外交紧急，国贼未除，日本逮捕中国留学生，政府毫无表示，反而禁止学生游行示威，拘捕和杀害爱国同胞，故一致罢课，表示抗议，希望全国同胞采取一致行动。
北京各校学生组成宣传小组，分赴街头讲演，军警又开始捕人。
学生一面讲演，警察一面捕人。讲的愈多，捕的愈众；捕的愈众，讲的愈多。6月1日至3日间，北京被捕的学生达两三千人。监狱容纳不下，竟把北大三院作为临时监狱。
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