bam文件截取指定长度的序列

作者: 今天没回家 | 来源:发表于2021-03-22 14:36 被阅读0次

截取长度在50-100的序列

samtools view -h test.bam | awk 'length($10) > 50 && length($10) < 100 || $1 ~ /^@/' | samtools view -bS - > new.bam

截取长度为50，51的序列

samtools view -h test.bam | awk 'length($10) ==50  || length($10) == 51 || $1 ~ /^@/' | samtools view -bS - > new.bam

bam文件截取指定长度的序列
截取长度在50-100的序列截取长度为50，51的序列
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找的一份java过滤html代码，截取html指定长度，保存一下
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