GTDB 物种分类数据库

GTDB (Genome Taxonomy DataBase)数据库: GTDB - Genome Taxonomy Database (ecogenomic.org)
使用GTDB-tk 进行物种分类鉴定

参考脚本

需要提前准备好GTDB数据库

## 运行gtdbtk
gtdbtk classify_wf 
--genome_dir ./bin \ # 需要进行分类学注释的bin存放目录
--out_dir out_gtdbtk \ # 输出结果目录
--cpus 8 \ # 线程
--extension fa \ # 基因组序列文件后缀
--tmpdir ./

输出结果：
gtdbtk.bac120.summary.tsv ：bin 物种分类信息
gtdbtk.bac120.classify.tree ：合并其他物种构建的 tree

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