splicgrapher | 可变剪切分析

转自：
http://www.360doc.com/content/18/1205/16/52645714_799513550.shtml

1.SpliceGrapher 安装

在官网下载软件，https://splicegrapher.sourceforge.net/；

tar zxf SpliceGrapher-0.2.6.tgz；
cd SpliceGrapher-0.2.6；
python3 setup.py build
sudo python3 setup.py install

检测 SpliceGrapher 是否安装成功以及能否正常运行

>>> import SpliceGrapher
>>> SpliceGrapher. version
0.2.4

$ cd examples
$ sh run tests.sh

2. SpliceGrapher 相关软件的安装

SpliceGrapher有较多的步骤，根据需要来决定是否运行相应的步骤。这些步骤的正常运行需要安装一些其他软件

2.1 创建剪接位点(splice sites) 模型文件时，需要安装 PyML 0.7.9或以上版本

$ tar zxf PyML-0.7.13.3.tar.gz
$ cd PyML-0.7.13.3
$ python setup.py build
$ sudo python setup.py install

如果需要使用 Bam 文件，则需要安装 Pysam 0.5或以上版本。由于 Pysam 将代码放置于google 上，因此国内无法下载。Pysam 只是 python 版本的 samtools，因此，自行使用samtools 将Bam 文件转换成 Sam 文件即可

2.2 当使用 PSGInfer pipeline 进行可变剪接转录子预测的时候，需要安装 PSGInfer 1.1.3或以上版本

S wget
$ tar zxf psginfer-1.1.3.targz -C /opt/biosoft
$echo'PATH=$PATH:/opt/biosoft/psginfer-1.1.3'>>~/.bashrc

2.3 当使用IsoLasso Pipeline 进行可变剪接转录子预测的时候，需要 UCSC 的 gtfToGenePred和 genePredToBed 程序，以及 IsoLasso 2.6.1或以上版本

安装Isolasso 前需要依赖 GSL(/s/gsl/) and CGAL() library支持

未完成