R语言circlize包绘制圈图

circlize包的学习文档：https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/
其中chordDiagram在14章：https://jokergoo.github.io/circlize_book/book/the-chorddiagram-function.html
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library(statnet)
library(circlize)
my.data <- matrix(
  c( 105, 20, 118, 100,
     450, 46, 553, 18,
     92, 78, 94, 108,
     96, 33, 317, 104),4,4
)
rownames(my.data) <- c("ID.1", "ID.2", "ID.3", "ID.4")
colnames(my.data) <- c("Chr.1", "Chr.2", "Chr.3", "Chr.4")
grid.col = NULL
grid.col[c("ID.1", "ID.2", "ID.3", "ID.4")] = c("red", "yellow","green", "blue")
grid.col[c("Chr.1", "Chr.2", "Chr.3", "Chr.4")] = "grey"
circos.par(gap.degree = c(rep(2, nrow(my.data)-1), 10, rep(2, ncol(my.data)-1), 10),
           start.degree = 180)
chordDiagram(my.data,
             directional = TRUE,
             diffHeight = 0.06,
             grid.col = grid.col,
             transparency = 0.5)
circos.clear()

image.png

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R绘图--圈图

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