虽然市盈率指标简单易用，但并不是所有的情况下都适用，还需要考虑公司的基本面情况。
001周期公司不适用
周期行业由于产品大多同质化，所以公司盈利取决于产品的供求关系。
在行业波峰时，周期公司盈利状况很好，市盈率分母较大，市盈率较低。这给了投资人估值看上去很便宜的错觉。但因为丰厚的利润吸引了产品供给的增加，很可能发生行业反转，公司盈利下降的情况。随后股价下降，市盈率反倒上升。
在行业低谷时，公司普遍亏损或者微利，市盈率高达上百甚至上千，股票估值看上去很高，但实际上却可能很低。一旦走出低谷，盈利上升，反倒出现股价越涨，市盈率越低的情况。
周期公司除了关注市盈率指标的变动，还需要结合市净率指标进行综合判断。
002前景变差，业绩下滑
运用市盈率投资，最重要的仍然是对公司未来的发展前景判断。如投资者要确保买到的不是未来业绩大幅下滑的公司，否则即便现在买入的市盈率再低，也无济于事。
003现金流差
市盈率指标关注的是公司的净利润情况，这使得在使用时，缺乏从现金流贴现模型的角度思考公司的现金流情况。如果公司利润状况不错，但是经营性现金流净额很少，而投资现金流金额很大，这样低市盈率的公司，其实背后是因为公司的价值很低。
除此之外，风险过高，公司利润不可持续，以及假账风险，这些情况都不适用于市盈率。
总得来说，市盈率大致反映股票价格的高低，但是高市盈率公司未必真贵，低市盈率公司也未必真便宜，仍然需要具体分析。
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