trim主要用于：截去测序数据的测序接头和低质量片段
Clean_ratio：Clean_bases的数目占Raw_bases数目的百分比
Q30：Phred数值大于30的碱基占总体碱基的百分比
（表示一个碱基的质量值，也表示该碱基错误率百分比。Q30指碱基质量值为30，错误率为0.1%，正确率为99.99%。同理Q40表示错误率为0.01%，正确率为99.999%。）
Phred：每个碱基测序错误率是通过测序碱基质量值（Phred score，Qphred）通过公式转化得到
MAPQ (Mapping Quality，比对质量值)：reads比对到参考序列上某个位置的可靠程度
用错误比对到该位置的概率来表示： MAPQ = -10log10(P)，P是错误比对的概率。
当MAPQ为13时，相应的P是0.05，（reads的比对错误的概率是0.05。）
当MAPQ为20时，相应的P是0.01，（reads的比对错误的概率是0.01。）
FFPE样品质控商业解决方案 市面上一些FFPE质控方案的对比 DNA样品质控参数 尽管最佳的裂解和孵育条件可从F...
使用qualimap对wes的比对bam人家总结测序深度和覆盖度 1 比对的各个阶段的bam进行质控 可以把中间生...
新版CLSI C24中有关质控参数的新变化 室内质控统计参数 室内质控主要用于监测分析系统的精密度，所要统计的参数...
处理原始数据文件 rawdata质控 统计cleandatabase 建立索引 hisat2比对 排序 统计比对率...
质控 fastqc，trimmomatic 比对 bowtie，bowtie2，bwa，STAR， 排序 samt...
建立人基因组windows,计算GC含量 质控 比对 过滤掉比对不上的reads 合并bam, 可选操作 计算每个...
1. 质控 在比对之前，我们建议花一些时间查看 FASTQ 文件。一些基本的 QC 检查可以帮助我们了解您的测序是...
以前写过不少零散的 RNA-Seq 分析文章，现在整理为流程，同时修改一些错误。流程包含质控、比对、定量、差异分析...
使用工具 fastp(质控), hisat2(比对), samtools(sam文件转bam文件), featur...
bowtie2： 单端： bowtie2 -p 20 [options] -x index -U sample.f...
本文标题：质控Trimming和比对的一些参数
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/edfdfdtx.html
网友评论