背景：

RRBS数据bismark比对。

首先是从一篇简书上链接到这个参考基因组的链接，https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html，但是发现有40多G，于是放弃。

百度关键词“参考基因组下载”。

看了几篇文章之后推荐的是从UCSCs上下载基因组FASTA文件，然后从gencode上下载基因的注释文件。

下载hg19：

cd ~/reference

mkdir -p genome/hg19  && cd genome/hg19

nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &

tar zvfx chromFa.tar.gz

cat *.fa > hg19.fa

rm chr*.fa

下载hg38

cd ~/reference

mkdir -p genome/hg38  && cd genome/hg38

nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/hg38.fa.gz  &

genecode网站上下载注释文件https://www.gencodegenes.org/human/release_35lift37.html，选择了第一个。

比较完整的下载流程可以看这篇。

https://www.jianshu.com/p/75404f813e0a

从UCSC上下载bed格式的注释文件