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Multiz 使用陷阱

Multiz 使用陷阱

作者: 杨康chin | 来源:发表于2023-04-12 15:08 被阅读0次

REF: https://www.biochen.org/cn/blog/

  1. axtToMaf 处最终命名为
    maf/${TARGET_GENOME}.${QUERY_GENOME}.sing.maf
    Target 在前， query在后。必须有.sing.

2.同样axtToMaf处

-tPrefix=${TARGET_GENOME}. \
-qPrefix=${QUERY_GENOME}.

后面这个"."必须存在

  1. 最后TARGET.QUERY.maf，物种代号越简单越好，貌似有“.”不行。我用基因组ID（比如N143152.1）作为物种名尝试多次，不行。

4.tba跑了很多次都不行。roast能跑通。

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