export PHYLOFLASH_DBHOME=/nfs_genome/BioDB/138.1/
conda activate phyloflash
for id in `ls /nfs_genome/home/zhaoshanzhong/zs/data/metagenome64/metacleandata/*.filtered.fq1.gz`
do
id=${id/*\//}
id=${id/.filtered.fq1.gz/}
phyloFlash.pl -lib $id -everything -read1 /nfs_genome/home/zhaoshanzhong/zs/data/metagenome64/metacleandata/$id.filtered.fq1.gz -read2 /nfs_genome/home/zhaoshanzhong/zs/data/metagenome64/metacleandata/$id.filtered.fq2.gz
done
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本文标题：2020-11-16 宏基因组中细菌16s rRNA组装分析
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/etczbktx.html
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