structure图绘制(一)----重要软件(vcftools

在进行structure堆叠图绘制时，需要用到以下软件：vcftools、bcftools、plink、admixture软件。下面具体介绍这些软件的安装过程(注 :前三个在mac/windows上装，后一个在linux服务器上装)。

1.vcftools的安装

(1).vcftools下载

下载网站如下：
https://sourceforge.net/projects/vcftools/files/

只需要下载：

(2).vcftools软件的安装

将下载完成的文件进行解压，然后把解压后的文件夹移动到你想放的位置，后输入如下代码进行安装。

cd /Users/bcl/Desktop/structure/vcftools_0.1.13    //cd到你放文件夹的路径。
make
cd /bin                                            //cd到存放vcftools的文件夹。
./vcftools                      

如果有以下情况说明安装成功

2.bcftools的安装

(1) bcftools的下载

bcftools的下载链接如下，下载完成后进行把包放到特定文件夹中进行解压，得到如下解压包。

http://www.htslib.org/download/

(2) 安装

安装方法如下，如果./bcftools出现下图说明安装成功。

cd /Users/bcl/Desktop/structure/bcftools-1.9        //cd到你放解压包的地址
./configure
make
make install
./bcftools

3.plink的安装

(1).plink下载

plink下载可到如下网站。

http://www.cog-genomics.org/plink2

(2).plink安装

下载完成后，解压得到以下文件,后将文件夹移动到你想放的位置。

cd /Users/bcl/Desktop/structure/plink_mac_20190617
./plink

如果./plink显示如下，说明plink可以用。

4.admixture安装(Linux服务器)

(1).软件的安装

软件网址：http://software.genetics.ucla.edu/admixture/download.html

下载linux版本的安装包。解压完成后，通过FileZilla(或其他方式)上传到服务器上即可。