Fig2-c 纵轴log化的带标签散点图Scatter Plot

3.7 纵轴log化的带标签散点图Scatter Plot的绘制
这张图看着像个线图，但是仔细看才发现是散点图!!!!

image.png

重点：
1）散点图上带标签
2）纵轴log化
（即：ggplot2::scale_y_log10()的应用）
具体实现如下：
3.7.1数据格式

image.png
读取数据：

l1<-read.csv(file.choose())
head(l1)

image.png

3.7.2 散点图绘图：

sp1<-ggplot(l1) + geom_point(aes(Species.Rank, Cumultative.relative.abundance), color = 'black') 
sp1

image.png

3.7.3纵轴的log化

sp1<-sp1+ggplot2::scale_y_log10()
sp1

image.png

3.7.3 散点图的点上添加文字标签：

sp1<-sp1+geom_text(aes(Species.Rank, Cumultative.relative.abundance,label=r1),size=3)
sp1

image.png

发现标签标到点上去了，有点难看，所以利用另一个ggrepel包里的标签函数进行标记，

install.packages(ggrepel)#安装包
library(ggrepel)#加载包

再对前面的图进行标记，总的代码为：

sp1<-ggplot(l1) + geom_point(aes(Species.Rank, Cumultative.relative.abundance), color = 'black') +ggplot2::scale_y_log10()+geom_text_repel(aes(Species.Rank, Cumultative.relative.abundance,label=r1)) #进行标记
sp1<-sp1+ theme_classic(base_size = 16)#横纵坐标的标记的字体大小调大
sp1

即： image.png

这样就得到了比较理想的带标签的，纵轴为log化的散点图。