1 background--updateR()

想用Y叔的ggtree来画进化树，但安装软件时，提示R4.0.1太旧，没法安，之前有几个包也出现这种情况，因此，必须先更新R，在Rstudio里运行这3行命令

install.packages("installr")

library(installr)

updateR()

结果弹出提示框：最好在RGui里面进行升级，不要在Rstudio里升级。于是又换到R里面

进入R

然后依次输入命令：

library(installr)

updateR()

然后就开始更新了，虽然R4.0.3只有84.2M，但无奈网速超级慢，只有等待，先学习一下进化树的基本知识。

2 什么是进化树

进化树/系统发育进化树/系统进化树/系统发生树/Phylogenetic tree

来源：http://yulab-smu.top/treedata-book/chapter1.html

根 (root，上图红色的点）
即：所有分支的共同祖先，有根树表示从最早共同祖先，即由根开始，随着时间的连续分支事件引起的一组相关物种的分歧。
无根树，则表示分类单元之间的进化关系，但不鉴别最早共同祖先。
结点 (node）
node 可分为外部节点与内部节点：
外部节点（external node）又叫叶节点leave（上图绿色的点），代表参与分析的序列样本。
内部节点internal node（上图蓝色的点），代表假定祖先。
进化支 (Branch)或边（edge）
也叫分支，指两种及以上的生物或序列组成的进化关系。

如何从进化支来看是直系同源还是旁系同源？

外类群（outgroup）
与分析序列相关的生物序列，但是具有较远的亲缘关系，比如分析的10个样本都是属于A科B属的植物，加入的外群是1个来自原A科C属的植物。
一般要利用外群才能建有根树。
进化分支长度(branch length)
也叫遗传变异度，进化距离。一般会标注在分支线上，代表进化支变化的程度，越短代表差异越小，进化距离越近（而标在Node上的数字，大多都是置信程度Bootstrap，代表该node以下的树结构的可靠程度（上图中没有标出置信程度））。
A与B物种之间的进化距离=A物种的进化分支长度+B物种的进化分支长度。遗传变异度实际代表基因组序列中每个位点碱基的替换频率，计算方法也很简单：变异度=变异碱基数/总碱基数(%)。我们常见的形式，通常以0-1的小数来表示，代表100个碱基位点的变异度大小。
进化分支长度越长代表着该分支对应的物种或基因的变化越大。根据基因序列相似度与进化时间假说对这种进化距离进行转换，就可以得到分子钟。比如，用它分析病毒进化树，甚至可以推断出初代病毒产生的时间点。
距离标尺（distance scale）

生物或序列间差异数值的单位长度，相当于进化树的比例尺。