Megahit是一种用于高通量测序数据的快速和高效的基因组组装软件。它采用了一个基于De Bruijn图的算法来组装测序片段并重建基因组序列。Megahit的设计旨在处理大规模的测序数据，特别是来自Illumina平台的短读长数据。
conda install -c bioconda megahit
wget https://github.com/voutcn/megahit/releases/download/v1.2.9/MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.tar.gz
tar zvxf MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static.tar.gz
cd MEGAHIT-1.2.9-Linux-x86_64-static/bin/ #可以看到目录下的可执行文件megahit
megahit界面
示例
文献中使用megahit做组装
最终结果
细菌基因组组装金标准：GAGE-B 组装软件的选择 细菌基因组组装的目标不同于大型生物基因组的组装，大型基因组组装...
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主流的NGS基因组组装软件都是先将序列划分成kmer, 然后基于de Bruijn Graph图论算法，得到组装好...
本文标题：基因组组装软件megahit
本文链接：https://www.haomeiwen.com/subject/fdxcodtx.html
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