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专题：富集分析

专题：富集分析

作者: 挽山 | 来源:发表于2020-02-23 01:17 被阅读0次

GSEA基因集富集分析

1、用clusterProfiler做GSEA - 简书

2、GSEA-基因集富集分析 - 简书

3、关于GSEA的几点补充说明_Java_weixin_43569478的博客-CSDN博客

4、【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结 - 小xuo生 - 博客园

结论：GSEA的核心是Enrichment score的计算，除了GSEA软件外，还有很多的工具也都支持这个算法，如果想要利用DESeq2等工具自定义计算处的基因排序列表进行富集分析，更推荐使用clusterProfiler等第三方工具。

GO/KEGG富集分析

1、DIANA TOOLS -mirPathv.3   参考：miRPath:miRNA相关GO和KEGG功能分析 - 简书

2、R clusterProfiler包

3、KEGG通路数据库下载(人种) - 简书

4、 GO分析可视化

5、GO和KEGG基本概念辨析：

GO 和 KEGG 的区别 | GO KEGG数据库用法 | 基因集功能注释 | 代谢通路富集 - Life·Intelligence - 博客园

【科研猫】3分钟了解GO/KEGG功能富集分析（一） - 简书

6、【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小结 - 小xuo生 - 博客园

7、R包clusterProfiler比较不同dataset富集结果

疾病富集分析

2020-02-27 clusterProfiler富集分析之疾病富集 - 简书

阈值筛选（差异分析同样适用）

p.value和FDR - 简书

Pvalue及Qvalue基本知识 - 百度文库


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