作者，Evil Genius
今天我们分享文献，当然我们主要分享单细胞空间的内容，但是对于基因组部分的分析也是非常重要的，其中一些关键的分析，比如突变、MSS、MMR、HRR、HRD、MRD、TMB、MSI等也是大家必须要学会的，等单细胞空间课程上完，还会上一次关于基因组与多组学的小课，感兴趣大家可以参加一下。
文献在
知识积累
超过90%的晚期胃癌（GC）是微卫星稳定的（MSS）。
T-bet+ CD8+ T细胞的连续转移增强了抗肿瘤活性，这是由于它们增加了浸润肿瘤和分泌细胞毒性分子的能力。
在GC中，PD-1抑制剂在微卫星不稳定性高/错配修复缺陷（MSI-H/dMMR）癌症中表现出较好的抗肿瘤活性，总体缓解率（ORR）范围为45%-60%，而在微卫星稳定/错配修复缺陷（MSS/pMMR）GC中的ORR为10%。
MSI-H GCs是这些肿瘤含有大量的非同义突变以产生免疫原性肿瘤新抗原，其可以被抗原呈递细胞识别和呈递，从而引发T细胞应答。然而，MSI-H GC仅占所有GC的10-15%，并且在晚期病例中这一比例进一步降至5%，从而大大限制了ICI在GC中的临床益处。
目前生物标志物的根本不足在于它们仅捕获GC的肿瘤内在因子，而肿瘤微环境（TME）的复杂性质在很大程度上被忽视。
TME是一个复杂的生态系统，由许多细胞和非细胞成分组成，相互交织，相互作用。高分辨率技术（多重免疫组织化学、空间RNA测序和单细胞RNA测序）和机器学习的最新进展促进了TME复杂性的研究。肿瘤浸润淋巴细胞（Tumor-infiltration lymphocytes，TILs）是TME中主要的抗肿瘤细胞，也是ICI治疗的直接靶点，了解TILs的功能异质性有助于深入了解肿瘤中不同ICI反应的决定因素，更重要的是为靶向肿瘤的免疫细胞武器化提供潜在的策略。
结果1、临床队列数据
结果2、不同胃癌亚型的免疫异质性
在多项临床试验中，MMR状态和EBV状态与ICI治疗的不同敏感性相关。
bulk + scRNA + 免疫荧光。
在EBV+ MSS和MSI-H患者中，肿瘤相关巨噬细胞（TAM）表现出M1极化表型，已知其通过激活1型（Th 1）免疫表现出抗肿瘤活性。
当大多数MSS GC表现出免疫特异性状态时，有一小部分MSS GCs携带TME，其中有大量的肿瘤浸润性T细胞。
不同GC亚型的免疫异质性不仅存在于免疫细胞组成上，还存在于功能差异和细胞内相互作用上。
结果3、半监督学习识别MSS GC中的潜在响应者
以细胞毒性淋巴细胞（CTL）的大量浸润为特征的发炎的TME是ICI易感性的关键。
与EBV-MSS GC相比，MSI-H GC和EBV+ MSS GC被注意到具有类似的发炎的TME，因此对ICI治疗表现出更高的应答率，因此，假设具有类似MSI-H GC TME的MSS GC可能是潜在的ICI应答者。
因此，为了鉴定MSS GC（MSS-PR）中的潜在ICI应答者，将具有高TMB和丰富T细胞浸润的MSI-H GC患者（最可能对ICI应答的那些）作为阳性样品进行PUL，而将具有未确定应答的MSS GC患者作为未标记样品。
结果4、MSS-PR的综合特性
为了全面描述MSS-PR的特征，在MSS-PR和MSS-NR之间进行了多维差异分析，涉及免疫浸润、单核苷酸多态性（SNP）、拷贝数改变（CNV）和转录组表达。
MSS-PR的免疫特征类似于MSI-H & TMB-H & TILs-H患者（阳性样品）的免疫特征，其特征在于更高的CD 8 + T细胞、活化的CD 4+记忆T细胞和M1极化的巨噬细胞的浸润。
TMB在MSS-PR中显著高于MSS-NR，但其作为治疗生物标志物的实用性受到其在反应预测中相对较低的准确性的限制。
多组学分析显示，几个遗传变异在MSS-PR中更为普遍。其中，PIK3CA突变与对ICI的更好应答最显著相关。此外，发现PIK3CA突变体MSS GC表现出炎症TME，其特征在于CD 8 + T细胞浸润和CD 4+记忆细胞活化的增加。
CXCR3配体（CXCL9、CXCL10和CXCL11）是MSS-PRs中最显著上调的基因之一。
结果5、T-bet+ T细胞表现出superior抗肿瘤免疫
T-bet+ T细胞具有更强的浸润肿瘤核心的能力，这可能是CXCL9/10/11-CXCR 3趋化性对的趋化性的结果。
T-bet+ T细胞，特别是T-bet+CD8+ T细胞，是具有更大的能力渗透到肿瘤核心的T细胞亚群，并通过分泌IFN-γ和颗粒酶B引起superior抗肿瘤活性。
结果6、T-bet+CD8+ T细胞在ICI敏感性癌症的肿瘤区室中高度浸润
T-bet+ CD 8 + T细胞与肿瘤细胞更接近。
ICI应答者和MSS-PR通过T-bet+ CD 8 + T细胞在其肿瘤区室中的相似空间分布而被注意到，而无应答者尽管是MSI-H，但几乎没有浸润。
在胃癌队列中，MSI-H胃癌细胞有T-bet+ CD 8 + T细胞浸润增加的趋势，14.16%（16/113）的MSS胃癌细胞的T-bet+ CD 8 + T细胞浸润较大多数MSI-H胃癌细胞多。
为了测试肿瘤浸润性T-bet+ CD 8 + T细胞是否可以预测更广泛的GC患者的ICI应答，我们对接受ICI治疗的患者中肿瘤浸润性T-bet+ CD 8 + T细胞的比例进行了去卷积，使用scRNA-seq数据生成的免疫细胞矩阵我们发现，在MSS和MSI GC中，T-bet+ CD8 + T细胞的更高丰度与更好的ICI应答相关，AUC分别为0.800和0.775。
结果7、T-bet+ CD8 + T细胞使immune-ignorant GC对ICI疗法敏感
我们的结论是，T-bethighCD8+ T细胞增强抗肿瘤免疫，并赋予immune-ignorant GCs ICI易感性。
结果8、T-bet+ T细胞和PD-L1+肿瘤细胞之间的正反馈回路驱动ICI敏感性
T-bet+ CD 8 + T细胞是MSI-H和MSS GC中最重要的整体传入信号接收者（单细胞通讯分析）。
然而，仅在MSI-H GC中，T-bet+ CD 8 + T细胞与广泛的其他细胞类型（如巨噬细胞、树突状细胞、癌性上皮细胞、CD 8 + T细胞和Treg）相互作用，而在MSS GC中，通信限于成纤维细胞和血管内皮细胞内。MSI-H GCs中的T-bet+ CD 8 + T细胞也显示出比MSS GCs中更高的细胞毒性分子和HLA分子的表达，暗示T-bet+ CD 8 + T细胞的更强的细胞毒性表型也可能由肿瘤先天特性驱动。
诱导邻近细胞PD-L1表达和CD 8 + T细胞的抗原驱动耗竭为ICI发挥其治疗作用提供了最佳的先决条件。这种正反馈回路在mIHC中被视为独特的T-bet+ -PD-L1+生态位，是预先存在的抗肿瘤免疫抑制的标志，并使抗肿瘤免疫和ICI易感性之间的复杂相互作用概念化。
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