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R输出重定向:如何管理标准错误和标准输出

R输出重定向:如何管理标准错误和标准输出

作者: 生信摆渡 | 来源:发表于2020-01-10 14:43 被阅读0次

阻碍我科研的期末考终于结束啦~ ~ ~

之前整理过输出重定向的内容,但太过教科书化,这次简化一下。

另外,我的下面的代码的r就是Rscript的alias。OUT指的是非报错信息,ERR指的是报错信息。

先看一下测试脚本:

[wangjiahao@submit3 myscript]$ more test.R
getwd() # 其输出代表OUT
setwd("hahaha") # 其输出代表ERR

1 只重定向OUT——> or 1>

[wangjiahao@submit3 myscript]$ r test.R > 1.log
Error in setwd("hahaha") : cannot change working directory
Execution halted
[wangjiahao@submit3 myscript]$ more 1.log
[1] "/sibcb1/bioinformatics/wangjiahao/code/myscript"

ERR输出到屏幕。

2 只重定向ERR——2>

[wangjiahao@submit3 myscript]$ r test.R 2> 2.log
[1] "/sibcb1/bioinformatics/wangjiahao/code/myscript"
[wangjiahao@submit3 myscript]$ more 2.log
Error in setwd("hahaha") : cannot change working directory
Execution halted

OUT输出到屏幕。

3 OUT和ERR重定向至一个文件——&>

[wangjiahao@submit3 myscript]$ r test.R &> 3.log
[wangjiahao@submit3 myscript]$ more 3.log
[1] "/sibcb1/bioinformatics/wangjiahao/code/myscript"
Error in setwd("hahaha") : cannot change working directory
Execution halted

因为都重定向到文件了,因此没有信息输出到屏幕。

4 OUT和ERR分别重定向至两个文件——&> out.log 2> err.log

[wangjiahao@submit3 myscript]$ r test.R &> 4.log 2> 5.log
[wangjiahao@submit3 myscript]$ more 4.log
[1] "/sibcb1/bioinformatics/wangjiahao/code/myscript"
[wangjiahao@submit3 myscript]$ more 5.log
Error in setwd("hahaha") : cannot change working directory
Execution halted

再一次整理这个内容是出于我想要达到个目的:

ERR单独输出到一个文件,同时把ERR和OUT一起重定向到另外一个文件

我本以为上面第四种的代码可以达到这个效果,但结果并不是,仍然没有找到正确的代码

有知道的小伙伴望告知啊~

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