明未崇祯八年,书院又毁于战乱。清代,康熙初年再度复修并扩建。清咸丰初年,太平天国军与曾国藩的湘军大战新洲,书院三度兵燹,同治、光绪年间又数次复修并予扩建。清代康熙、嘉庆两皇帝御赐问津书院“万世师表”、“圣集大成”金匾,更使其声播海内,名噪一时。湖广提学使蒋永修撰千余言,作“重修问津书院碑记”。
民国初年,著名书法家、孙中山总统府官员张翼珍为问津书院重修题写“问津书院”石匾。其后,作为小学、初中、干训场所存在了几十年。“雾暗秦碑涩,云生汉殿荒。空余耦耕地,今古共栖皇。”秦时明月依旧,汉唐繁华无驻。十年“文革” 尤如十年梦魇,历朝历代官府和文人墨客打造的楚天学府已是满目疮痍。她由一个腰缠万贯的富翁,变成了一个家徒四壁的穷汉。供奉千年的孔子、朱子塑像被推倒,康熙嘉庆御匾被抢,碑刻成了农家庭院的垫脚石,孔叹桥面盖了房,典籍散失,礼器无存,千年古树横遭砍伐。实在令人痛首扼惋!仅存的布满青苔的大成殿、空空如也的仲子祠、朱子祠,以及大成殿内外半石半木的高高支柱,台阶前雕刻有五爪龙的残缺不全的汉白玉墀,还可想见这里曾百官朝觐、名儒讲学、众生会试的盛况。











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