Day5-数据结构

R语言中的帮助功能

在有疑问的指令前面输入?即可
如：?read.table

向量

元素

元素：数字或字符串（chr）

标量和向量

标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量

向量的赋值

x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次

查看变量

右上角Enviroment栏

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点击变量名或用View(函数名)指令可查看详细信息
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提取向量中的元素

x[4] #x第4个元素
x[-4] #除了第4个元素之外的元素
x[2:4] #第2到4个元素
x[-(2:4)] #除了第2-4个元素之外的元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
x[x==10] #x中等于10的元素
x[x<0] #x中小于0的元素
x[x %in% c(1,2,5)] #x中存在于向量c（1，2，5）中的元素

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数据框

读取本地数据

read.table(file = ".txt", sep = "\t", header =T)
注：
seq 参数：用来指定字符的分隔符号，csv 文件是用逗号分隔的，故而 sep = ","；tsv 文件是用制表符分隔的，故而 sep = "\t"；常用的分隔符还有空格 sep = " "。分隔符是任意的，可根据具体情况指定的
header 参数：true则表格第一行用于列名称，具体数据从第二行开始；false则第一行即为具体数据

设置行名和列名

X<-read.csv('.txt') #赋值数据框
colnames(X) #查看列名
rownames(X) #查看行名,默认值的行名就是行号
colnames(X)[1]<-"names" #如果左上角第一格为空，R会自动补为x，可以用这个命令来修改
X<-read.csv(file = ".txt",sep = " ",header =T,row.names=1) #最后row.names的意思是修改第一列为行名

数据框的导出

write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F) #分隔符改为逗号，quote=F表示字符串不加双引号（默认格式带由双引号） 

变量的保存与重新加载

save.image(file="bioinfoplanet.RData") #保存当前所有变量为一个RData文件
save(X,file="test.RData") #保存某个变量
load("test.RData") #再次使用RData时的加载命令

提取数据框中的元素

X[x,y] #第x行第y列
X[x,] #第x行
X[,y] #第y列
X[y] #也是第y列
X[a:b] #第a列到第b列
X[c(a,b)] #第a列和第b列
X$列名 #也可以提取列（只能提取一列）

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直接使用数据框中的变量

例：

a <-data.frame(case=paste0("S",1:9),values=runif(9))
plot(a$case,a$values)

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使用提取指令可以直接使用数据框中的变量

脚本的保存

将代码复制到脚本框的新建文件中，点保存即可保存为R文件

作业：
save(X,file="test.RData")如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
是因为没有定义X这个变量，如果用<-给X赋值了就可以保存，注意区分大小写