cellranger

系统配置要求：

1. Linux至少8核（推荐16核）
2. 64GB RAM(推荐128GB)，最低配的64G允许cellranger aggr合并最多250k个细胞
3. 1T硬盘
4. 64-bit CentOS/RedHat 6.0 or Ubuntu 12.04

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mkdir -p：递归创建目录，即使上级目录不存在，也同时会按照目录层级自动创建目录
xargs命令：不同于管道命令
echo '--help' | cat-----help echo命令的输出通过管道定向到cat的输入
echo '--help' | xargs catxargd将其接受的字符串--help做成cat的一个命令参数来运行

1. -d选项 指定分隔符
   echo '11@22@33' | xargs echo
11@22@33
echo '11@22@33' | xargs -d '@' echo
11 22 33
2. -p选项 询问是否执行

echo '11@22@33' | xargs -p -d '@'  echo 
输出：
echo 11 22 33
 ?...y      ==>这里询问是否执行命令 echo 11 22 33 输入y并回车，则显示执行结果，否则不执行
 11 22 33   ==>执行结果

3. -n 选项 将xargs生成的命令行参数，每次传递几个参数给其后面的命令执行

echo '11@22@33@44@55@66@77@88@99@00' | xargs -d '@' -n 3 echo 
输出结果：
11 22 33
44 55 66
77 88 99
00

4. find + xargs
   xargs的 -0 和 -d '\0' 表示其从标准输入中读取的内容使用 '\0' 来分割;print0参数表示find输出的每条结果后面加上 '\0' 而不是换行

find . -name "*.txt" -print0 | xargs -d '\0' echo 
输出：
./2.txt ./3.txt ./1.txt

（详见https://www.cnblogs.com/wangqiguo/p/6464234.html）

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fastqc -t 20
-t 20表示一次运行20个文件，-t是线程与系统配置相关
详见CellRanger走起（刘小泽）