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2019-02-13批量将文件以文件夹名字命名

2019-02-13批量将文件以文件夹名字命名

作者: YPCHEN1992 | 来源:发表于2019-02-13 16:14 被阅读0次

运用SPAdes拼接完细菌基因组候,拼接完的结果保存在OutFileName/contigs.fasta,通常需要重命名然后下载到本地计算机进一步分析。在样本多的情况下,批处理命令可以帮我们快速对这些完成的contigs进行重命名,方法如下:

for contigs in `find . -type f -name "contigs.fasta"`; do FolderName=$(dirname \
$contigs); cp $FolderName/contigs.fasta $FolderName/${FolderName}_contigs.fasta; done 
#  for  ;do ;done 运用了linux shell的for循环
# `find . -type f -name "contigs.fasta"` 是一个查找文件名的一个非常有用的命令
# 在for循环中嵌套其它的命令时,要用反单引号(tab键上面),不是单引号
# find 命令中的 . 是当前目录,-type 是参数,f 表示选择文件,-name 是参数,"contigs.fasta" 是选项。

rename_script.sh

#!/usr/bin/bash
for contigs in `find . -type f -name "contigs.fasta"`; 
do 
  FolderName=$(dirname $contigs); cp $FolderName/contigs.fasta $FolderName/${FolderName}_contigs.fasta;
done 

在contigs上以及文件夹下(assembly/strain1/contigs.fasta)即assembly内执行脚本

bash rename_script.sh

完成

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