https://zhuanlan.zhihu.com/p/91317299
https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/77847384
http://www.chenlianfu.com/?p=178
用来进行BulkRNA-seq序列和参考基因组之间的比对
1. 构建参考基因组(reference/ index)
bowtie2-build input.fasta name_of_ref
input.fasta: 用于构建index的基因组序列
name_of_ref: 构建出的index的文件名
2. 进行比对(align)
bowtie2 -p 6 -3 5 --local -x path/reference -1 read_1.fastq -2 read_2.fastq -S output_name.sam
path/reference: 注意这里最后只需要写入reference目录下的文件共有的前缀即可
3. 将.bam转换成.sam
samtools sort input.sam > output.bam
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