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一、生物信息学常见的100个软件安装

参考：https://www.jianshu.com/p/ae28e8e3e9f5 【转载生信菜鸟团】
网站中包含原装代码

总结安装软件流程：
mkdir→cd进入该目录→根据原装代码进行安装→根据压缩包后缀选择解压文件

二、miniconda软件安装

见[E:\BioTrainee\linux\3. background PPT]

关于镜像的设置：
配置镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

三、生信的数据格式

首推web:
https://www.plob.org/article/11672.html 【☆ ☆ ☆ ☆ ☆】
https://blog.csdn.net/sunchengquan/article/details/85095355 【☆ ☆ ☆ ☆ ☆】
参考PDF文件：E:\BioTrainee\linux\3. background PPT\1. 生信数据格式10.21

FASTA:https://www.jianshu.com/p/cd232d34c408
FASTQ:https://liucheng.name/770/
sam/bam格式：
https://www.cnblogs.com/djx571/p/9495388.html
https://www.jianshu.com/p/56be6092063a
https://blog.csdn.net/sunchengquan/article/details/85095355
（ps：如果有时间,应该写一篇关于FASTQ/A，sam/bam文件格式的相关简书）

四、环境变量的设置方法

基于第一个的叙述，在/home/lyshan/biosoft/bowti2/中安装了bowtie2的软件。
基于bowtie2,下面介绍环境变量设置的集中方法：
第一种方法：bowtie2=/home/lyshan/biosoft/bowti2/bowtie2-2.2.9 注意：在运调用变量时，直接输入bowtie2是无输出的。 若调用变量为$bowtie2
第二种方法：alias bowtie2='/home/lyshan/biosoft/bowti2/bowtie2-2.2.9' 注意：在调用变量时，直接输入bowtie2即可。
第三种方法：利用export
https://www.bilibili.com/video/av28813815/?p=7

五、RNA-seq实战分析流程（上游→下游）

分类如下：
上游分析：
1、软件准备
2、读文章拿到的测序数据
3、质量控制
4、了解参考基因组及基因注释
5、序列比对
6、reads计数

下游分析：
7、差异表达分析

8、富集分析

https://www.plob.org/article/11454.html