R包集成 C ++或者 python 的代码,需要编译,又会有各种环境问题以及依赖问题,因此使用 bioconda 管理 R 包。
安装 R
mamba install -c conda-forge -y r-base
搜索默认R
which R
R包分为:
r-基础包
bioconductor-专业生物数据包
perl-
python-
举例:安装tidyverse
mamba install -y r-tidyverse
如果r-中没有就在bioconductor-中查找下载(deseq2、clusterprofiler)
conda一段时间后更新一次(1月)
mamba update -n base -c defaults conda
升级bioconda全部软件:
mamba update -y --all







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