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如何利用conda管理R包

如何利用conda管理R包

作者: kangroomoon | 来源:发表于2022-01-10 08:54 被阅读0次

R包集成 C ++或者 python 的代码,需要编译,又会有各种环境问题以及依赖问题,因此使用 bioconda 管理 R 包。

安装 R
mamba install -c conda-forge -y r-base
搜索默认R
which R

R包分为:

r-基础包
bioconductor-专业生物数据包
perl-
python-

举例:安装tidyverse

mamba install -y r-tidyverse

如果r-中没有就在bioconductor-中查找下载(deseq2、clusterprofiler)
conda一段时间后更新一次(1月)

mamba update -n base -c defaults conda

升级bioconda全部软件:

mamba update -y --all

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