一、安装

conda一键安装

conda install RepeatMasker
RepeatMasker -h

帮助文档

二、预测基因组重复序列

使用方法

mkdir repeat
time RepeatMasker -parallel 2 -html -gff -dir repeat genome_prokka.fasta

结果

*cat：序列与重复序列比对的文件
*masked：N替换重复序列区后的基因组
*out：输出结果格式
*out.gff：gff结果格式
*out.html：html结果格式
*tbl：结果汇总表

参考：
基因组重复序列检测工具RepeatMasker安装及使用
 repeatmasker输入输出文件说明
 RepeatModeler安装及使用

RepeatMasker预测基因组重复序列
一、安装 conda一键安装帮助文档二、预测基因组重复序列使用方法结果 *cat：序列与重复序列比对的文件...
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