生信常用R包安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

### Part1 画图 ###
BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("ggpubr")
BiocManager::install("complexheatmap")

### Part2 特定流程涉及的R包 ###
## 1. RNA-seq相关
BiocManager::install("DESeq2")    # 差异表达分析
BiocManager::install("edgeR")  # 差异表达分析
BiocManager::install("AnnotationHub")    # 公共基因组GO注释下载
BiocManager::install("clusterProfiler")    # 富集分析
BiocManager::install(c("topGO","goseq","GOSemSim","enrichplot"))    # 富集分析
BiocManager::install("WGCNA")    # 共表达模块
## 2. ATAC-seq/ChIP-seq/DAP-seq相关 
BiocManager::install("ChIPpeakAnno")    # peak(调控元件)注释
BiocManager::install("ChIPpseeker")    # peak(调控元件)注释
BiocManager::install("karyoploteR")    # 绘制染色体及调控元件在染色体的分布
BiocManager::install("cicero")    # 绘制调控元件与基因的互作(enhancer-promoter loop)
BiocManager::install("TFBSTools")    # 转录因子结合位点
BiocManager::install("DiffBind")     # 差异peak区域
## 3. BS-seq相关
BiocManager::install("DSS")    # 差异甲基化分析
## 4. Hi-C相关相关
BiocManager::install("HiCcompare")    # 多个Hi-C数据集的归一化和差异比较
## 5. GWAS分析
BiocManager::install("GWASTools")    # GWAS分析
BiocManager::install("rMVP")    # GWAS分析

### Part3 通用的R包 ###
BiocManager::install("PCAtools")     # 主成分分析
BiocManager::install(c("ggtree","treeio"))    # 绘制进化树
BiocManager::install("igraph")     # 网络数据可视化
BiocManager::install("RColorBrewer")   # 配色方案