所以蛋白质和核酸序列由不同的字母组成，一个20一个4
大家说来说去的FASTA
序列比对找出相似性还是为了看结构和功能是什么，怪不得经常提什么直系同源旁系同源
多么清楚明了，又到了记分的时刻
替换记分矩阵
哈，不就是相似性高的4分，之类的吗，整这些花里胡哨55667788
三种记分矩阵
image.png
BLAST矩阵就是好，没有为什么，可太真实了
等我用到了再详细看吧，在3.3节
适时跳过
序列两两比较：打点法
打点法
Dotlet
序列两两比较:序列比对法
我们一般都说序列联配
tmd序列联配原来这个意思，我不去听那个课了无用，就是通过插入空位，让上下两行中尽可能多的一致和相似的字符对在一起。
全局比对和局部比对
哈哈我终于懂了，这样得分最高
全局比对和局部比对的意义
不管两条序列长度是否相同，都要先对它做全局比对，让两条序列先以最优的方式比对起来，再从全局比对中数出一致字符和相似字符的个数，除以全局比对的长度，来得到它们的一致度和相似度
我tm终于连上了服务器，原来就ssh就行了就终端输入
ssh 用户名@地址然后输入密码就行，md密码是不会显示的烦死
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