paired reads have different name

作者: 球果假水晶蓝 | 来源:发表于2023-06-23 18:41 被阅读0次

STAR软件使用
cutadapt
宏基因组分析笔记之binning
bwa双端数据比对错误：paired reads have di
bwa双端数据比对错误：paired reads have di
Daily Dietary Nutrient Supply
Different regularization
WHAT DIFFERS FROM PLACE TO PLACE
Weekend
vary 20181004

二代的转录组数据异常
read1

image.png

image.png

双端reads 的ID有点不一样，一个是@ERR3201871.1.1 另一个是 @ERR3201871.1.2 ，使用bwa mem 比对时报paired reads have different names 错误，这个问题好像是SRR转化成fastq 参数不当造成的，可以从SRR数据重新转化，也可以将@ERR3201871.1.1 @ERR3201871.1.2 改为 @ERR3201871.1 @ERR3201871.1。

for i in *.fastq.gz;do sed -E "s/^((@|\+)ERR[^.]+\.[^.]+)\.(1|2)/\1/" <(zcat ${i})  > ${i}.fix ;done

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