Linux环境下的软件安装

应用商店--conda（miniconda）

1.安装和激活miniconda
cd biosoft(进入biosoft文件)--wget miniconda下载链接（把此软件放在此文件中下载）--bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh （安装）--该yes该enter--看到提示（Thank you for installing miniconda3！）成功--source ~/.bashrc(激活）--conda(出现满屏代码提示成功激活)
miniconda下载链接
2.添加镜像（添加的镜像相当于副本，功能是加速软件下载速度）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

3.使用conda（以软件fastqc为例）
-conda list 查看当前服务器上安装的所有软件列表，有点和ls差不多
-conda search fastqc 搜索fastqc
-conda install fastqc -y 安装fastqc（-y是yes的意思，就是安装过程所有问题都回答yes）
-conda emove fastqc -y 卸载fastqc
4.conda环境
-conda info --envs 查看当前conda有哪些环境（带*的就是默认的）
-conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y 就是建立rna-seq的环境
-conda activate rna-seq 就是把rna-seq环境激活，改为默认他
-conda deactivate退出当前环境