在远古大地的一片洪荒宇宙之中，由海底火山和海洋以及无机物产生的剧烈化学反应，诞生了世界的第1批有机物，虽然未被实验证实，但是我们有理由推测，经过亿万年的演变，有机小分子万万变成了有机大分子，最终成为了一种一摊生命的形式，这是一些极为原始的生物，外面有一层保护膜是圆形的，保护膜内部的“世界”是完全混沌的，没有丝毫的结构可言，这一种一摊生命在经过不断的演化之后，虽然内部结构并没有变得更完整，但是外部保护机制变得更加完整，慢慢形成了一种新的物种，被称为古菌，自此，演化之大潮流开始了。
如果按照第1种病毒的假说，那么病毒在此时就应该已经出现了原型，这种假说的理论是当世界还只存在有机大分子以及一摊生命的时候，其实这些生命都已经出现了自我复制的能力，可是有些生命却认为这样的复制实在是太麻烦了，还需要制造酶，还需要有这方面的基因片段，不如直接从其他的生命那里夺取这些东西，甚至是寄生到其他生命里，当时的生命都在追求复制的更加快速，所以说一般都会舍弃没有用的基因，那么既然自己不需要复制自己了，不需要通过进食来获取能量了，所有这方面的基因全部可以舍弃掉，于是这样的生命就慢慢演化成了病毒的原型，拥有着超简的结构，只有一些最基本的基因和外面的一层蛋白。现在的地球甚至都有这样生命的近亲，被称为类病毒。
并且这种假说实际上也是有理论依据的，某位科学家在试管中放入了RNA，并且放入了 RNA复制需要用到的酶，这些RNA在经过不断的复制和演变之后，最终形成了同一个物种，一个由2多个碱基酶所组成的基因片段，之所以在自然界中并没有所有的原始的DNA和RNA都变成这样的一个怪物，主要是因为在地球的那一波原始当中，并没有无限的营养，自然也就不是所有的物种都在为了更简单的结构和更快的繁殖这个方面发展，但是否有物种走向了这样年化的道路呢，那可能性还是很大的。
总之在古菌诞生了之后，细菌也随之诞生了，这两位古代初生大咖在通过不断的物理的互相吃之后，慢慢变成了真核生物，某一天一个古菌吃掉了一个细菌，啪的一下，很快啊，他们居然成为了一个内共生的关系，这个细菌居然成为了古菌的细胞器！
自此真正意义上的细胞结构也就诞生了，而在这些原始的细胞结构中，不仅有包吃包住的遗传基因，还有一些临时打工仔，这些打工仔被称为质粒，细胞需要用他们的时候就请他们过来，不需要用他们的时候就把他们赶出去，可是质粒毕竟也是一种基因，他们也希望自己能够流传下去，为了改变自己在生物圈中的地位，他们于是开始攻击自己的宿主细胞，形成更多的他们自己的个体，可以说在这种小说里边，病毒就是叛逃的基因，甚至在人类体中都有这样的基因，就比如某一种叫做转座子的东西，他们在人类细胞的基因之间互相乱跑，随时会把自己安在不同的基因的位置上，并且他们把自己安在基因的方式和病毒也极为相似，因此很长一段时间支持这种假说的人，都把这样的现象作为自己理论的论据，可是直到近代生物学继续的发展才慢慢发现，也许这种转座子其实就是病毒在通过人类细胞的时候留下的痕迹，也就是说，也许转座子和质粒并不是病毒的前身，而是病毒的后裔，这也让这一种假说，变得不再那么可信。
至此，我们已经把细菌和真菌之间的演化历程和演化之间的关系说的很明确了，可是病毒这个物种的起源问题仍然扑朔迷离，随着地球发展的时间线不断延伸下去，病毒起源的第3种假说的节点时间到来了， 随着细胞的出现，那些原来的一滩生命慢慢没有了自己的生存空间，于是慢慢把自己演化成为了寄生虫的样子，利用细胞的结构去攻击细胞，随之也就慢慢变成了病毒。
在整个生命的演化树上，真菌和细菌都有着非常明确的位置，唯有病毒这一种神奇的“生命”，就好比一个幽灵一样，盘旋在整个生命的演化数的四周，无时无刻不在影响着整个演化树的发展。
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