1 单细胞转录组分析项目

主要关注7-13项分析

2 细胞注释部分

1、自动注释是使用内置数据集进行注释，准确性稍差，一般是singleR

2、使用文献中的CellMaker，免疫细胞，上皮细胞，基质细胞，逐层注释

https://www.jianshu.com/p/15dddefc7038

https://www.jianshu.com/p/f6945aa22019

https://www.jianshu.com/p/3b28efe61a8f

3 拟时序分析

1、不要把明显不同分组和无分化关系的细胞放在一起进行分析

2、拟时序分析的作用（不能来区分亚型，亚型是分类问题）：

发现分化轨迹：例如造血干细胞 → 粒细胞 / 红细胞两条支路。

推测发育顺序：从早期到晚期的状态变化。

找到关键调控基因：哪些基因随时间上升或下降。

4 细胞通讯

1、单细胞测序（scRNA-seq）给了我们每个细胞的基因表达情况，所以我们可以通过 ligand–receptor 的表达组合，推断不同细胞之间的通讯关系

2、CellChat 包的原理：从单细胞转录组中推断细胞间通信网络；基于已知的 ligand–receptor 数据库；定量分析每对细胞群之间的通信强度与信号通路活性

3、注意需要单个样本进行运行，不同样本之间的细胞没法通讯

5 转录因子分析

1、从单细胞转录数据中反推出哪些转录因子在调控细胞状态的变化，从而揭示发育、免疫、癌变等过程的核心调控网络

6 去除批次效应

1、肿瘤的异质性比较强，免疫细胞的异质性比较弱

7 鉴定肿瘤细胞

参考 B 站up主

B站-生信幻想家

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