数据来源
转录因子CBFB通过调控翻译和转录抑制乳腺癌
CBFB基因最近在各种癌症中成为高度突变的驱动因子，CBFB通过hnRNPK与mRNA结合，并通过eIF4B增强翻译。
image.png
image.png
数据GSE119800
image.png
验证CBFB和hnRNPK是否会互作进而影响mRNA翻译
数据下载：知道GSE号如何从GEO下载sra数据 - 简书 (jianshu.com)
重命名
mv SRR7819273.sra CBFB_FLAG_antibody_Input.sra
mv SRR7819274.sra CBFB_FLAG_antibody.sra
mv SRR7819275.sra hnRNPK_antibody_Input.sra
mv SRR7819276.sra hnRNPK_antibody_rep1.sra
mv SRR7819277.sra hnRNPK_antibody_rep2.sra
将SRA格式转换为fastq格式
参考之前写的文章，按照那个脚本就可以。将sra文件转为fastq格式文件 - 简书 (jianshu.com)
3.原始文件质控
mkdir fastqc
fastqc --outdir fastqc --threads 16 *.fastq.gz
cd fastqc
multiqc *zip#将质控结果整合
image.png
image.png
网友评论