生信分析工具五花八门,不同的工具得到分析结果常大相径庭。nf-core为此而生,解决分析流程的标准化、可移植、可重复的问题。汇聚了39个高质量的分析流程,主要的是基因组学,还有部分蛋白质组学分析流程。
网站https://nf-co.re
代码https://github.com/nf-core
文章https://www.nature.com/articles/s41587-020-0439-x
工具列表
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举几个例子,大家慢慢学习。
| 名称 | 网站 | 用途 |
|---|---|---|
| scrnaseq | https://nf-co.re/scrnaseq | 单细胞RNAseq |
| atacseq | https://nf-co.re/atacseq | ATAC-seq |
| chipseq | https://nf-co.re/chipseq | ChIP-seq |
| mhcquant | https://nf-co.re/mhcquant | 质谱数据定量 |
| proteomicslfq | https://nf-co.re/proteomicslfq | 蛋白质组无标定量数据 |
| ddamsproteomics | https://nf-co.re/ddamsproteomics | 蛋白质组DDA数据 |
| diaproteomics | https://nf-co.re/diaproteomics | 蛋白质组DIA数据 |
| imcyto | https://nf-co.re/imcyto | 质谱流式图像分析 |









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