在为所有存在物所共有的基本特征中，现实与可能，这对概念表示宇宙中的一个纵深向度：在每个造物中，都存在着显然是实在的东西（现实的）和潜在着的东西（可现实化的）之间的动态互动。当潜在的可能性被现实化的时候，变化就发生了。在有生命之物中，比如在植物、动物和人类中，变化的要求可能是由内部推动的，而在无机物中，像石头、泥土和水，变化则是由外部条件引起的。变化的概念因此是与现实和可能的学说连在一起的，就像在亚里士多德那里一样。而且对阿奎那来说，就像对亚里士多德一样，宇宙是根据现实和可能的不同层次而排除等级序列的。从上帝作为纯现实开始，所有的潜能都至上而下地现实化，一直到现实与可能原始质料，它代表了没有现实化的纯潜能的概念。
活动和能力的学说，也就是变化的学说，也是与关于四因或四个原则（也是亚里士多德那里的概念）联系在一起的：质料，或某物之由以做成的东西；形式，即质料之具有的特征；动力因，它通过外部影响（因果地）塑造质料；目的，它给与该过程以一个指导或目的。
特殊存在一方面处于潜能和现实之间的紧张之中，在这个关系中变化起媒介作用、四因形成它的基础，另一方面还有一个形式和质料之间的区别（比方说形状和材料），比如说所有存在物的等级序列的一个基础法律和正义——根据这些存在物所现实化的是什么形式：无机物、植物、动物、人类和天使——从较低的到较高的，从纯潜能到纯现实，从没有形式的纯质料到没有质料的纯形式。纯现实将它所拥有的全部潜能都现实化，因而无法再有变化。这样，纯现实就是永恒如一的，相信上帝存在着是合理的；但这并不给与我们有关上帝之本质的洞见。
在等级的世界观中，最低的存在是无机物（岩石、泥土、空气等等）。它们没有内在的活动和有机的整体。它们因此是消极的，只受外部压力（作为动力因）的改变。植物位于无机物之上，因为植物有其内在的活动和有机结构。它们可以通过其自身的动力（目的因）而变化。接着是动物，与植物相比它们有更大程度的内在活动和更高程度的有机结构。结果是，高级动物能主动地追求一个目标（比如在狐狸追逐兔子的时候）。在人那里，个体活动是最自由的，有机结构是最先进的。人类能够自由地独立地既确定目标，又主动追求这些目标。
由此来说，人类是最高的物质存在。一个人同时兼具灵魂和肉体。新柏拉图主义把肉体看作是灵魂的非实在的外衣，而灵魂则被看作是真正的人类。奥古斯丁的观点对肉身的看法则非常积极，笛卡儿则看到的灵是肉之间的截然区分。
托马斯主义还主张灵魂是一体的、不可分的，而且它不随着肉体的死亡而消失。人类灵魂持有一种相对于肉体而独立的地位。阿奎那认为，人类灵魂具有两个主要功能，亦即认知和意志。意志被理解为是一个追随认知的产生活动的力量。认知领悟善的东西，把它当作目标，而意志则启动行动以达到目标。认知因此是主要的成分，而意志则最好被理解为一种依赖于它面前树立的目标的冲动。因此，托马斯主义对人类及其行为的看法代表了一种形式的唯智主义：理性优先于意志。相反的立场，也就是意志主义，则主张意志优先于理性。
托马斯主义的知识观假定我们是能够获得关于世界的知识的。阿奎那还进一步主张，我们获得知识是通过感觉经验，以及对我们所经验到的东西的反思。阿奎那主张知识开始于感觉经验。任何事物，如果不先存在于感官之中，就不会存在于理智之中。感觉经验适用于特殊的具体的现象。借助于感觉经验，我们获得对这些可感现象的直接印象。我们并不创造这些对象。从对于可感现象的感觉印象出发，我们然后可以借助于我们的理智而辨认出不同现象中的共同特征，并明确表达出概念来。
柏拉图强调通往理念之洞见的独立通道，康德主义观点强调认知主体在根本上塑造了来自外部世界的感觉印象。
这里我们又碰到了共相之争——如果我们说不仅认知开始于对特殊事物的感觉经验，而且特殊事物（殊相）是本体论上最重要的，而概念（共相）仅仅是人类对特殊事物的抽象，那么我们最后就得到了唯名论。这恰恰是托马斯主义和经院哲学高潮之后出现的诠释，比如奥卡姆的威廉说阿奎那的合理诠释是温和的实在论的：虽然认知开始于对特殊事物的感觉经验，这并不意味着直接感觉经验比理智对概念的认识有更高的地位。所有人士都开始于对特殊事物的感觉经验，但我们从此引出的普遍概念并不能因此理解为人类创造的纯粹抽象。撇开这些概念是否从感觉经验的背景得来不论，它们可以说具有一种独立的本体论地位。阿奎那主张，它们存在于对象之中，我们通过思想所认识到的仅仅是表现在对象之中的概念。时间上被事后认识到的东西，在本体论等级或认识论地位上并不等而下之。共相独立地存在于对象之中，通过认识到共相，我们获得对实在的基本特征的洞见。
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