本文介绍一款可用于宏基因组中的分类小软件，简单一条命令可以将上游组装的Contigs进行原核与真核生物区分~
Github地址：https://github.com/patrickwest/EukRep
image-20220226153211440
安装
- Conda直接安装(python3环境)
conda create -y -n eukrep-env -c bioconda scikit-learn==0.19.2 eukrep
可以看到用到了python中的机器学习的包scikit-leran
- 使用pip安装
$ pip install EukRep
使用
EukRep -h
image-20220226151836569
常用参数不多：
- -i: 输入fasta文件
- -o 输出文件
- --min 设置最短序列，默认3kb
- --model : 线性SVM训练模型
- --seq_names：输出序列ID名称
默认-o 输出预测真核序列
EukRep -i <Sequences in Fasta format> -o <Eukaryote sequence output file>
加上--prokarya即可预测出原核生物的序列
EukRep -i <Sequences in Fasta format> -o <Eukaryote sequence output file> --prokarya <Prokaryote sequence output file>
获得真核生物Bins
Eukrep软件旨在用作后续Bining分析管道中的一部分，可用于获得高质量的真核生物的预测序列或者Binning，详细内容可以看“Genome-reconstruction for eukaryotes from complex natural microbial communities"（West et Al。）文中的方法部分(https://doi.org/10.1101/171355)
另外，作者也提供了一个workfolw例子：https://github.com/patrickwest/EukRep_Pipeline，有需要的可以试一下~~
网友评论