magicblast结合samtools的简单应用

针对贝瑞的宏转录组测序数据的简单比对，统计比对的结果

构建数据库

makeblastdb -in genome.fasta（基因组文件） -dbtype nucl -parse_seqids -out genome（name）

序列比对

# 默认输入文件为fasta格式

单个fasta文件

magicblast -query reads.fasta -db name（数据库的名字）

两个fasta文件

magicblast -query reads.fasta -query_mate mates.fasta -db name（数据库名字）

#如果输入文件为fastq格式

magicblast -query reads.fastq -db  name（数据库名字） -infmt fastq （指定格式）

#双端数据

magicblast -query reads_R1.fastq -query_mate reads_R2.fastq -db name（数据库名字） -infmt fastq （指定格式）-outfmt sam (default) 

或者-outfmt tabular : exports a simple tab delimited format ，或者output.gz -gzo （.gz压缩格式）

比对完后使用

samtools flagstat xx.sam 可以导出比对的结果

比对结果

381787190 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)

280027218 + 0 secondary

0 + 0 supplementary

0 + 0 duplicates

372338399 + 0 mapped (97.53% : N/A)

101759972 + 0 paired in sequencing

50879986 + 0 read1

50879986 + 0 read2

79268650 + 0 properly paired (77.90% : N/A)

84762006 + 0 with itself and mate mapped

7549175 + 0 singletons (7.42% : N/A)

966996 + 0 with mate mapped to a different chr

966996 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)