旧号无故被封，小号再发一次

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Loupe Browser支持对Visium空间基因表达解决方案中的数据进行分析。这包括在组织图像的空间范围内全部执行以下分析的能力：

• 询问重要的基因。
• 表征和优化集群。
• 执行差异表达分析。

System Requirements

Windows

Windows 7 (64-bit) or later
4GB RAM
SSD storage highly recommended
Updated video/display drivers recommended

macOS

macOS 10.12 (Sierra) or later
4GB RAM
SSD storage highly recommended

下载与安装

https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/installation
要使用Loupe Browser，请打开Space Ranger分析软件生成的任何.cloupe文件 。Space Ranger .cloupe文件嵌入了以下信息：

• 组织图像的平铺版本，用作Space Ranger的输入以启用缩放。
• 幻灯片上所有斑点的基因表达信息。
• 有关图像中光斑对齐的信息。
• 斑点的各种基于基因表达的聚类信息，包括t-SNE和UMAP投影。

导航栏工具介绍

https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/navigation

image.png
看着用法有点像PS啊
Spatial View
image.png
还能导入投影
有许多脚本和第三方工具可用于生成数据的不同投影，包括但不限于以下各项：

• 替代的聚类和投影算法，例如轨迹分析。

• 过滤数据以清除不想要的伪影，例如死亡或垂死的细胞。

  
  image.png
  

  导入投影的csv格式如下：
  标头是必需的。

• 第一列是条形码，至少是.cloupe文件中条形码的子集。
• 第二列是代表X坐标的数字。
• 第三列是代表Y坐标的数字。

教程-空间基因表达

更详细的操作教程请参考官方网站https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/analysis#dataset

手动对齐图像

Space Ranger管线使用 自动图像检测算法 来计算基准标记的位置，并找到组织的边界。当不能自动识别对齐时，就要手动对齐了，请参考官网：
https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression/software/visualization/latest/alignment