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学习小组Day3笔记--素还真

学习小组Day3笔记--素还真

作者: 素还真_cf26 | 来源:发表于2018-08-22 22:39 被阅读56次

1.使用帮助

当我们不明白其中一个命令的用法时,可以使用命令+ --help
示例:rm --help

-- help的用法
当在删除miniconda3文件时,结果是:
rm -r miniconda3/
我们会发现一直会出现提示是否删除,因为文件太多,一个个回答y不现实,所以使用了强制删除rm -f
具体为: rm -f miniconda3/

下面开始重新安装miniconda

下载miniconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
结果为:

结果文件示例

安装软件 (预计跟shell脚本有关)

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shsh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

注意点:

bashrc为配置文件,这一步意味着修改了配置文件
修改完配置文件后并不会立即生效,需要source一下才能生效
示例:source .bashrc
还有一种方法,就是你重新打开一个远程连接窗口,会在配置新开的窗口生效,此时并不用source

修改conda的软件下载路径,改为国内镜像地址,可以加快下载速度

需要注意的是:有很多生信软件的国内镜像地址只有64位系统的路径,因此最好把系统换为64位的,下面的步骤才能顺利运行。

创建运行环境

因为不同的种类基因组操作需要不同的运行环境,最好使每个运行环境互不影响
创建 rna-seq的环境conda create -n rna-seq python=2
查看所有环境:conda info --envs
激活环境与退出环境的代码为:

image.png
激活环境后,注意root前的内容

安装软件

conda install -y fastqc
-y表示yes,省略中间询问过程

卸载软件

conda remove -y fastqc

查看安装软件列表

conda list

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