可见，到了12世纪，基督教哲学的理论基础是柏拉图的理念论，其伟大意义和生命力所在就在于纯粹哲学性思辩的继续。而其哲学水平当然比同时代的以亚里士多德学说为基础的阿拉伯哲学有巨大的差距。人类文明所幸运的是亚里士多德的研究成果在阿拉伯帝国得到了推崇和发展，否则，在当时基督教专制和封建世俗政权的统治下，哲学思辩是根本无法产生出科学的。
亚里士多德的学说在阿拉伯帝国时期的中东得到了传承。当时的阿拉伯帝国一统的中东，居欧亚大陆之中，扼东西贸易要道，万物汇集，融会东西方的优秀文明成果，产生了代表当时人类文明最高水平的文化----阿拉伯文化。当时的哲学家的主要工作是努力融合亚里士多德的学说和《古兰经》，因为他们认为两者都是真理。科学地研究具体事物在当时的中东也得到了巨大的发展，出现了一大批做出杰出贡献的具体领域研究的专家。到了公元12世纪，阿拉伯文化知识开始被大量引入西欧，使得西欧人的文化一下子蹦到了当时人类文明的最高水平，在此基础上，西欧开始了大发展。
天敌终于来了。当时的基督教神学家们惶恐之极而又无奈。黎明一旦到来，黑暗就要过去，真理一旦临现，再强大的权威也是弱不堪击！要想新生，只能放弃柏拉图的理念论而接受亚里士多德的实体论。
基督教的基础理论新柏拉图主义认为共相才是真正的存在，个别是变化无定的，不是永恒的，不是真正的存在。理念世界是真正存在的，事物世界不是真实的，事物世界是理念世界的分有、摹仿，灵魂不朽，以此为基础得出宗教神学理论，上帝是真正的存在，人世是由上帝创造的。而亚里士多德的“实体”理论认为不以他物为载体而能存在的实体是存在的首要意义，现实个别是其“是其所是”现实的存在体，是真正的存在。共相不是能独立存在的现实存在，不是实体，不是真正的存在。灵魂是潜在地具有生命的形式，不能独立存在，和作为质料的躯体结合才能发挥作用。这样的理论的确是当时的基督教神学的“最危险的敌人”。理性和信仰之争刚刚以折中的方式平息下来，哲学和神学又开始了生死之争。
有的人提出双重真理论，认为神学的真理在哲学看来不一定是真理，哲学的真理在神学看来也不一定是真理，两种真理均独立存在，互不干涉。有的人则更加激进，否定上帝的全知全能，直刺神学要害，而维护神学的人顽固地抵制亚里士多德的理论。很明显，基督教神学要想生存就必须以哲学性的方式重新树立基督教信仰，重新论证“真哲学就是真宗教，真宗教就是真哲学”。
经过激烈的斗争，终于在13世纪中后期，由托马斯-阿圭那（THOMAS AQUINAS，1225---1274）建立了以亚里士多德的思想为基础的基督教哲学体系。基督教获得新生，但却是饮鸩止渴，上帝被推向了离真正的真理更近的地方接受考验，基督教神学权威的虚假的本来面目已经是若隐若现。
托马斯-阿圭那（THOMAS AQUINAS 1225—1274）生于意大利。主张将亚里士多德哲学取代新柏拉图主义哲学来作为基督教理论的基础，目的还是维护基督教信仰。那么他首先应做的就是重新调和信仰和理性的矛盾，然后以亚里士多德的理论证明上帝的存在。
托马斯-阿圭那承认自然世界但又坚持认为还有一个超现实的、超自然的世界。客观存在的自然世界是哲学理性的认识对象，是知识的来源；而神学的目的是那个超现实的世界，理性是认识不清那个世界的，就需要信仰来把握。“虽然超出人类理智的事物，用理智不能求得，但若有上帝的启示，凭信仰就可取得”。①这个意思就是说明神学和哲学都有存在的必要。哲学的目的是达到真理，而神学的目的也是达到真理，而真理是同一的，所以哲学和神学是不矛盾的，是殊途同归。“我所谓的两种真理，并不是就上帝本身而言的，因为上帝是惟一而单一的真理，而是就我们的认识而言的，因为我们是从不同的方面去认识上帝的真理的”。②“几乎所有的哲学思维都以认识上帝为目的”。③“人的理性通过自然的受造物上升到认识上帝，信仰则相反，使人们通过上帝的启示去认识上帝。前者是上升法，后者是下降法。就其认识上帝来说，二者是相同的。其实，无论是由超越理性而获得信仰，或者是通过理性而获得对上帝的认识，不过是殊途同归”。④神学的真理虽然是超理性的，但绝不是反理性的，“上帝赐给我们的信仰之光并不破坏我们所拥有的自然理性的光辉”。⑤这个意思是要说明哲学和神学是统一的。信仰和理性是互相促进的，信仰需要理性的辩护，应当利用理性，但决不意味着依赖理性。恰恰相反，信仰高于理性，神学高于哲学，这是托马斯毫不动摇的立场，对此，他有非常高超的、聪明的诡辩：“通常，我们说一种思辩学科超过其他学科，不外指它的确实性比其他学科高，或者它的题材比其他学科更高贵，而神学在这两方面都超过其他思辩学科。思辩学的确实性来源于人的理性的本性之光，这是会犯错误的；而神学的确实性则来源于上帝的光照，这是不会犯错误的。神学的题材更高贵是因为神学的目的在于永恒的幸福，而这种永恒的幸福是一切其他科学学科趋向的终极目的。所以，神学高于哲学。”⑥这样高超的论辩是当时的哲学无法驳倒的。神学将哲学上的绝对存在说成是上帝，而以当时的本体论和认识论是无法论证出绝对存在（本体）不是上帝。
和奥古斯丁一样，托马斯-阿圭那很聪明地重新树立了信仰的权威。接着，他以亚里士多德的理论为基础研究了哲学的本体问题、认识论问题和伦理政治等方面的问题，基本上是诠释亚里士多德的理论，当然，也不可能得出比亚里士多德更进步的理论，把本体论和认识论水平从柏拉图那里拉回到亚里士多德的水平就已经不错了。
关于上帝存在的证明，托马斯-阿圭那提出了5种方式：第一推动者的证明，第一作用因的证明，必然存在者的证明，从存在的等级出发的证明，事物最高指挥者的证明。⑦
与其说是对上帝存在的证明，其实是对哲学上的第一推动者、第一作用因、必然存在者、最高存在者、最高指挥者存在的证明，然后依然是论断式地将这些第一者、最高者起了个高贵的称呼：上帝。他们一方面说理性认识不了上帝，另一方面又煞费苦心地通过理性来论证上帝的存在，本身就是自相矛盾。当时的哲学论证不出上帝不存在，而神学也论证不出上帝的存在。
这里，我的观点是，哲学属于理性的范畴，神学属于信仰的范畴，而理性和信仰都是人类认识实践的根据。的确有一些领域，是人类的理性认识所无法达到的。在那个领域，人类就只能依靠信仰来把握。这就是宗教的必需所在。
托马斯-阿圭那之后，哲学继续和神学斗争，理性继续和信仰的权威斗争，斗争的目的是努力将哲学从神学那里分离出来，从而把人的理性认识从上帝那里分离出来。英国的罗吉尔-培根（ROGER BACON，1214--1294）热爱自然注重实验，驳斥宗教神学，提出掌握真理的四大障碍：“屈从于谬误甚多、毫无价值的权威；习惯的影响；流行的偏见；以及由于我们认识的骄妄虚夸而来的我们自己的潜在的无知”。“从这些致命的流毒造成了人类的一切罪恶”。“必须认清这四个原因的暴行和毒害的一切罪恶，谴责它们，并将它们远远地排斥在科学考察之外”。“他们虽然在错误的最浓密的阴影里，却自以为是在真理的充分照耀下”。“危险莫大于愚昧，最有价值的事莫过于研究清除愚昧黑暗的学问，全世界的幸福都取决于此”。⑧我认为，在任何时代，这都是学者们应该持有的原则。
在基督教内部，坚持奥古斯丁理论的以邓斯-司格脱（JOHANNES DUNS SCOTUS）为代表的晚期弗兰西斯教派开始排斥理性来维护所谓的信仰的纯洁，这在客观上有利于哲学的独立。在王权与教皇的斗争中，支持王权的威廉-奥卡姆在理论上否认宗教信仰的理性基础，否定教权的至上性。而在德国出现的神秘主义宗教思想也和正统的基督教神学发生了冲突。斗争的发展朝着有利于理性的方向进行，而当时的人类实践也逐渐地说明了人的理性认识能力，欧洲文明的发展进入了新的进步时期----文艺复兴时期。之后，随着西欧工商业的大发展和地理大发现等一系列伟大的实践活动的发展，以破除宗教权威为目的的宗教改革运动逐渐兴起，特别是在德国的尼古拉-库萨（Nicolaus Cusanus 1401-1464）和意大利伟大的思想家布鲁诺（Giordano Bruno,1548--1600）等先驱的影响下，已经吸收了亚里士多德思想的欧洲的哲学，开始在全新的时代，继续前进，并将产生新的发展。
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①[意]托马斯-阿圭那：《神学大全》，Ⅰ，1，1。
②[意]托马斯-阿圭那：《反异教大全》，Ⅰ，9。
③同上书，Ⅰ，4。
④同上书，Ⅳ，1
⑤[意]托马斯-阿圭那：《神学大全》，Ⅰ，1，8
⑥[意]托马斯-阿圭那：《神学大全》，Ⅰ，1，5
⑦参见[意]托马斯-阿圭那：《神学大全》，Ⅰ，2，2。
⑧[英]罗吉尔-培根：《大著作》，1。
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