宏基因组分析6-计算基因丰度(Salmon)

作者: nitrostarch | 来源:发表于2019-02-03 15:24 被阅读0次

宏基因组分析6-计算基因丰度(Salmon)
salmon：从RNA-seq数据中定量转录本
salmon 1.4.0 基因丰度计算 (二进制版)
基因BIN来源分析（二）获取基因-BIN-样品/组TPM表，绘制
宏基因组 - (2)基于基因相对丰度计算α/β多样性
宏基因组之基因丰度计算
Crack4-详解根据基因组测序报告，进行细菌基因组Genome
Qiime1-18.HUMAnN2分析通路
【转录组05】基因表达定量
转录组数据分析—Salmon定量

Salmon安装

https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.12.0/salmon-0.12.0_linux_x86_64.tar.gz
tar -xvzf salmon-0.12.0_linux_x86_64.tar.gz

宏基因组分析6-计算基因丰度(Salmon)
Salmon安装
salmon：从RNA-seq数据中定量转录本
Salmon 主要用于从RNA-seq数据中计算转录本的丰度。 # 安装 # 基于Salmon分析RNAseq数据...
salmon 1.4.0 基因丰度计算 (二进制版)
conda中安装的是salmon 0.13.1，计算基因丰度老出一个bug，如下，因此打算使用最新版试图规避bug...
基因BIN来源分析（二）获取基因-BIN-样品/组TPM表，绘制
导读继续：基因BIN来源分析（一）cd-hit去冗余，salmon计算基因TPM[https://www.jia...
宏基因组 - (2)基于基因相对丰度计算α/β多样性
0. 首先需要获取基因的相对丰度表，这里可以略参考宏基因组-(1)基因预测与基因相对丰度[https://www...
宏基因组之基因丰度计算
目前有两种方式可计算宏基因组基因的丰度，一种是基于比对，比如bwa,bowtie,soapaligner等主流的比...
Crack4-详解根据基因组测序报告，进行细菌基因组Genome
背景：将测序得到的细菌基因组数据上传NCBI前，需要计算基因组覆盖度,而这个可以根据基因组测序报告来进行计算 1...
Qiime1-18.HUMAnN2分析通路
HUMAnN2是由Huttenhower组发布的，基于全基因组测序数据用于计算基因丰度的软件。本节我们要用其对PI...
【转录组05】基因表达定量
featureCounts 常用参数 salmon定量————不需要比对直接得到参考基因组表达
转录组数据分析—Salmon定量
salmon是一款不基于比对而直接对基因进行定量的工具，适用于转录组、宏基因组等分析。其优势是：定量时考虑到不同...