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使用bgzip命令解压文件遇到的一个报错

使用bgzip命令解压文件遇到的一个报错

作者: 小明的数据分析笔记本 | 来源:发表于2020-11-07 10:19 被阅读0次

这个服务器上没有bgzip这个命令,我使用conda进行安装

conda install tabix

这个安装的是 0.2.6版本

解压

bgzip -d pacbio.sequel.fastq.gz 

遇到报错

Error: 2

然后我卸载,重新安装0.2.5试一下

conda uninstall tabix
conda install tabix=0.2.5

再次解压遇到报错

Error: invalid block header

以上报错不知道什么原因,搜索一番后看到有人说安装好 htslib后就可以直接使用bgzip了。
我试了一下

conda uninstall tabix
conda install htslib

果然这次再用bgzip解压就没有报错了

什么原因还是不知道,现在暂时可以用了

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