Monocle2: reduceDimension()

降维函数

在降维的过程中可以 人为去除不感兴趣的变异 的影响

https://rdrr.io/bioc/monocle/man/reducedDimS.html#:~:text=Description%20Reducing%20the%20dimensionality%20of%20the%20expression%20data,coordinates%20of%20your%20cells%20in%20the%20reduced%20space

1. 常规降维

reduceDimension(cds, max_components=, reduction_method=, num_dim=, norm_method=)

• max_components=: 降维后数据的维度；默认值为 2
• reduction_method=: 降维方式；DDRTree/ ICA/ tSNE；默认值为 DDRTree
• num_dim=: PC number(1:~) used for further dimension-reduction

• norm_method=: 指定归一化数据的方式
  归一化数据的方式应该与 cds 的 expressionFamily 相对应；norm_method= 参数可以自己指定，在未指定的情况下，Monocle2 会根据 expressionFamily 进行自动判定和选择
  negbinomial/negbinomial.size : norm_method= variance-stabilized("vstExprs")
Tobit : norm_method= log1p-transformed("log")
数据已经通过其他方式处理过，不需要再归一化 : norm_method= "none", pseudo_expr=0

reduceDimension() 会先对数据进行 PCA 降维，再在 PCA 基础上选择前几个 PC 进行其他降维

reduceDimension() 最终的降维结果(不是PCA) 保存在 @reducedDimA 中

2. 去掉不感兴趣变异的影响

reduceDimension(cds, residualModelFormulaStr=)

residualModelFormulaStr=: 填入一个model formula; Monocle2会根据此 model formula 在降维前对数据进行转换

• 比如: residualModelFormulaStr = "~Media + num_genes_expressed"; 公式中的字符串为 pData 中的列名